1999年12月20日，中国政府对澳门恢复行使主权，澳门特别行政区成立。根据《澳门特别行政区基本法》，澳门特别行政区实行高度自治，享有独立的司法权和终审权，这是对澳门特别行政区司法制度的原则性规定。
澳门特别行政区的法院组织体系（1） 初级法院
澳门特别行政区的初级法院为初审法院，可根据需要设若干专门法庭，如刑事、民事、经济审判庭等。
（2） 中级法院
行使回归前高等法院的部分职权。
（3） 行政法院
是澳门特别行政区受理行政诉讼，税务诉讼和海关诉讼的专门法院。在审级上属初级法院，不服其判决，可上诉到中级法院。
（4） 终审法院
行使特别行政区的终审权。
澳门特别行政区的检察机构澳门特别行政区设立检察院。
检察院主要行使以下9项职权：
（1） 代表澳门地区、澳门货币暨汇兑监理处、市政府、无行为能力人参与诉讼。
（2） 提起刑事诉讼，在澳门法院审理刑事案件时出庭支持公诉。
（3） 维护司法独立，保证法院判决的执行。
（4） 依法为劳工及其家属担任诉讼代理。
（5） 领导刑事侦查工作，对警察机关的工作予以监督。
（6） 预防犯罪活动，参与破产及所有涉及公共利益的诉讼。
（7） 为总督（即行政长官）提供法律咨询。
（8） 对法院的不当判决提起抗诉。
（9） 行使法律赋予的其他职权。
澳门特别行政区检察院是一个独立的机关，其地位与中华人民共和国最高人民检察院有些相似，但两者有一个重大不同，就是澳门特别行政区检察院的检察长要由行政长官提名、报中央人民政府任命，检察官则由行政长官任命，他们的免职也由行政长官提出建议或进行免职，因此检察院不能不受行政长官的指挥和监督
