首都医科大学图书馆始建于1960年，藏书以生物、医药卫生类为主。2002年新馆建成后校本部图书馆馆舍总面积达13980平方米，每周开放时间98小时，实行开放式借阅服务。目前校本部馆藏总量49万余册（件），阅览座位近2000个，为师生提供了良好的阅读和学习环境。图书馆在继续增加印刷型馆藏的同时，大力发展电子资源，中、外文学术性全文电子期刊逾23688 种，电子图书131976种。已形成了以医学文献为主体，包括中外文图书、期刊和报纸合订本、音像制品以及计算机文档等在内的多种类型、多种载体的综合性馆藏体系。
校本部图书馆内设办公室、采编部、流通部、阅览部、参考咨询部、自动化部和医学文献检索教研室等功能部门。自1998年开始业务管理全部实现自动化，2000年开始使用北邮电信的MELINETS图书馆自动化管理系统。
校本部图书馆有良好的网络应用环境，设立了拥有100台PC机的电子阅览室，其他阅览室和自习区均配备了大量的网络端口和电源接口，读者在这里可以很方便地接入互联网、查询馆藏信息、或使用各类专业数据库等。图书馆每天24小时不间断地提供网络信息服务，师生可以在校园网上的任意客户端自由访问各种数据库资源或自行预约和续借图书。
随着计算机的广泛应用，信息参考咨询工作日益活跃，图书馆开设了《医学文献检索》与《信息资源利用》两门信息素质教育课程，并在配备有近100台终端机的计算机检索实习室定期为学校师生提供各种电子资源和其他类型的培训。2004年开始实行的学科馆员制度，密切了与各院系的联系，针对师生教学、科研和临床的需求主动开展服务工作。并提供课题查新、代查代检等服务，读者还可以通过馆际互借与文献传递服务获得本馆没有的信息资源。
为了给读者提供更完善、更全面的信息网络服务，我们将引进与开发相结合，建设了教学参考书提交系统、网上选书系统、虚拟参考咨询系统、网上信息资源整合与建立异构平台、研究生学位论文库、教学参考书库、中医古籍库与解剖资源库等特色平台和数据库，形成了较为完善的网上信息服务体系。
校本部图书馆一直注重与各校区和附属医院分馆的业务联系与资源共享，通过共同努力形成了全校医、教、研工作所需的文献信息保障体系。首都医科大学图书馆将竭诚为教学、科研、医疗服务，为首都医科大学办成国际知名、国内一流的大学提供充足的文献信息保障。
