分类地位小荚孢囊菌科（Microellobosporiaceae）是放线菌门、放线菌纲（Actinobacteria）、放线菌亚纲（Actinobacteridae）、放线菌目（Actinobacterales）中特为形成小孢囊的放线菌而建立的1科。
形态特征孢囊荚状、指状或棒状，内含1～20个孢囊孢子，带鞭毛者能运动，无鞭毛者不游动。
主要属小荚孢囊菌科含9属。
1、小荚孢囊菌属：棒状或荚状小孢囊着生在基内菌丝和气生菌丝侧面的短孢囊柄上,成熟孢囊长2～9微米,直径1.3～3.6微米，内含1～5有时达6～7个孢子，无鞭毛，不游动，孢囊壁薄，破裂释放出孢囊孢子；细胞壁化学组份Ⅰ型，即以左旋二氨基庚二酸和甘氨酸为特征性组份；DNA中的G+C克分子含量为68.6％。代表种多为灰烬小荚孢囊菌。
2、鞘孢囊菌属：基内菌丝上形成荚状，棒状或梭状小孢囊，单个或成丛；孢囊壁薄，通常含有3～5个单行不能游动的孢囊孢子，有时就地萌发；气生菌丝上形成分生孢子链,仅巴西鞘孢囊菌1种。国际上大多数人认为此属应归小荚孢囊菌属。
3、链异壁菌属：基内菌丝上形成浑圆、偶尔呈花生状的孢囊,含1～4个或更多的孢子,成直行或V形排列,孢子卵圆形或杆状；气生菌丝形成长孢子链，偶尔形成菌核；细胞壁含内消旋二氨基庚二酸以及半乳糖、甘露糖和少量鼠李糖。只记述印度斯坦链异壁菌1种。
4、间孢菌属：在基内菌丝或顶端形成孢囊，一般圆形、柠檬形，直径5～15微米，内含1～20个孢囊孢子；孢子圆形或椭圆，直径1～2微米，无鞭毛，不游动；细胞壁化学组份Ⅰ型。代表种为秃裸间孢囊菌。
5、北里氏菌属：在基内菌丝和气生菌丝上形成棒状孢囊、有短柄，其中成直行的少数球形、椭圆或柱形的孢囊孢子，时常连结成对，游离端单极生长鞭毛；气生菌丝丰茂，有粗菌丝和细菌丝两种类型；产氯霉素等抗生素。代表种为绛红北里氏菌。
6、指孢囊菌属：在基内菌丝的短孢囊柄上形成指状孢囊，长4～6微米，宽1.0～1.2微米,含3～4个(有时5个)孢子，排成一直行；有的种孢囊长得多，可含10个左右孢子；孢囊孢子椭圆或杆状，有鞭毛，能游动；一般无气生菌丝，如有也是直而短，可能是由不生孢子的孢囊所构成；细胞壁化学组份Ⅱ型，含阿拉伯糖和木糖。代表种为橘橙指孢囊菌。
7、游动单孢菌属：在长气生菌丝上形成只含1个孢子的杆状孢囊,有或无柄,时常成双排列，状如棕榈叶；孢囊(3.5～4.5)×1.5微米,所含单个孢子大小几乎与孢囊相等，常周生鞭毛，能游动；细胞壁化学组份Ⅲ型，以内消旋二氨基庚二酸为特征性组分。代表种为排孢游动单孢菌。
8、游动双孢菌属：在气生菌丝上形成含1纵对孢子的长杆状孢囊,(6～8)×1.2微米，一般有短柄，单个或成丛；孢囊孢子杆状，(1.0～1.2)×(2.6～4.0)微米，具固生鞭毛。细胞壁化学组份Ⅲ型。代表种为长孢游动双孢菌。
9、动孢囊菌属：在基内菌丝侧枝顶端形成含1个孢子的椭圆或棒状孢囊;孢囊孢子卵或梨形,长1～2微米；带极生鞭毛，能游动；通常无气生菌丝；细胞壁化学组份Ⅰ型，即以左旋二氨基庚二酸和甘氨酸为特征组份，还含有少量赖氨酸以及木糖、阿拉伯糖和半乳糖。代表种为橘橙动孢囊菌。[1]
