内设机构及其职责：
一、办公室（同时挂“市委教育工委办公室”的牌子）
综合协调局机关政务、党务、事务。负责新闻宣传、文秘、档案、提案督办、对口支援、保密、信访、政策法规研究、计划生育和机关后勤等工作；负责党工委会、局长办公会议等重要会议的组织安排和督办。
二、人事处
综合管理该市教育系统师资队伍建设和干部人事、劳动工资工作。负责教育系统人事调配与直属单位的机构编制、劳动工资、福利工作；负责和指导教育系列的职务评审工作；负责和指导教师资格认定工作；负责教育系统教师的表彰奖惩及特级教师等的评选工作；负责教师的年度考核工作；负责和指导教师档案管理工作；负责和指导教师的继续教育工作；负责和指导师范类毕业生的就业工作；组织指导学校内部人事制度改革；协助有关部门做好学校机构设置、人员编制工作。
三、发展规划处
负责制定该市教育事业发展中长期规划和年度计划；负责我市教育基本信息统计和分析；负责提出我市各级各类教育的布局、结构调整的意见；负责普通、成人和民办高校、中专、初中学校的设置、撤销、更名和调整的审批、审核与申报工作；负责制定我市高校、中专、中小学招生计划；负责市级基建和列入基建项目管理的修缮投资计划安排和管理工作；负责局自管公房的管理。
四、财务处
负责编制市级部门教育事业经费的预算和决算；负责统计并监测全市教育经费投入情况和执行情况；负责直属学校（单位）的财务、资产、收费管理和监督；指导学校的后勤工作；统筹管理机关行政办公经费；协助有关部门做好学校（单位）的审计工作。
五、高等教育处
综合管理市属普通及成人高等学校，协调有关部门做好省部属高校共建、联办等工作。参与拟订本市高等教育事业发展规划和年度招生计划；指导市属高校教育教学改革和业务管理，组织办学水平和教育质量评估；研究指导本市高等教育体制综合改革；负责高校的稳定工作。
六、基础教育处
综合管理我市普通中等教育、初等教育、学前教育和特殊教育工作。负责全市基础教育的办学指导和业务管理，参与制定基础教育事业发展规划和年度招生计划；指导全市基础教育的教育教学改革，教育质量评估，推进九年义务教育工作；负责学生的学籍管理、表彰奖惩和毕业证书的发放工作；负责管理直属中小学的教育教学工作和德育工作；负责审定教材和教学用书；协助有关部门做好教师的继续教育工作。
七、职业教育与成人教育处
综合管理我市的中等职业教育、成人教育和职工教育。参与制订中等职业和成人教育事业发展规划和年度招生计划；指导全市中等职业教育和成人教育的教育教学改革、专业设置与调整，组织开展教育质量评估；负责直属中等职业学校的教育教学管理和德育工作；负责全市成人中专及以下学历教育学校的督导工作和毕结业考试、证书发放工作；协调指导扫盲工作和农村文化技术教育；协调指导社区教育工作；指导协调全市的职工教育工作。
八、国际合作与交流处
负责全市教育系统的国际合作与交流工作；统筹管理出国留学和来华留学工作；开展同台湾地区及香港、澳门特别行政区的教育交流工作；负责中外及闽台合作办学的管理；负责来我市教育系统任教的外籍专家的管理工作；负责教育系统外事工作，办理教育系统人员出国出境手续。
九、体育卫生与艺术教育处
综合管理、指导全市学校体育、卫生与健康教育、艺术教育、国防教育和学生军训工作；负责组织全市性的学生体育竞赛活动和艺术演出比赛活动；协调大中学校及学生参加全国全省性体育竞赛和艺术教育等交流活动；指导学校的红十字会工作；指导学校的体育、卫生、艺术教育教学改革；指导学校体育、卫生、艺术教育基础设施建设；承担市教育局艺术教育委员会的日常工作。
十、德育处
指导、协调和管理全市中小学德育工作，拟订中小学德育工作计划；指导各区、直属中小学实施《中小学德育工作规程》；指导全市中小学学生奖惩工作，负责市级以上先进集体、个人评选的组织、管理和核准；指导和协调学校开展家庭、学校、社区三结合的教育；指导中小学开展心理健康教育；指导中小学开展学生社会实践活动，参与协调校外活动场所发挥育人功能；指导和协调德育科研工作；参与文明学校的创建、评估和管理；参与学校德育队伍建设的指导和管理。配合团市委指导和协调学校团组织、少先队开展工作。
十一、组织处（同时加挂“统战处”的牌子）。
负责指导全市各级各类学校贯彻中央、省委、市委关于学校党的建设的方针、政策并检查落实情况；负责指导我市各级各类学校基层党组织建设、党员队伍的教育管理和发展党员工作，负责市教育局直属学校（单位）领导班子建设、后备干部队伍建设和干部宏观管理工作；负责指导教育系统的干部教育培训工作；负责市教育局直属学校（单位）干部的审查、监督工作，落实党的干部政策；管理市教育局直属学校（单位）校级干部档案；负责指导、检查学校贯彻落实党的统战、宗教、侨务、对台工作和知识分子工作情况；负责与民盟、民进的对口联系工作；指导各区区委教育工委开展党的建设工作。
十二、宣传教育处
负责指导学校思想政治工作、教师的师德教育工作和大学生思想道德教育工作；负责指导学校精神文明建设和校园文明创建工作；负责指导教育系统的思想理论宣传报道工作；指导学校思想政治工作队伍和班主任队伍开展工作；负责教育系统新闻、报刊出版的审查报批工作；指导协调学校的稳定工作。
十三、纪检监察室
认真贯彻落实中央、省市委和上级纪检监察机关关于党风廉政建设和党的纪检工作、行政监察工作的指示决定，监督检查教育机关和市教育系统的党组织、党员领导干部和监察对象执行党和国家的方针政策及法律法规情况。依照党章和国家、省市有关政策、法律法规，保护党员和监察对象依法行使职权和各项正当权益。指导、督促、协调、检查教育局机关和局属单位抓好廉政宣传教育工作、教育行风建设。调查处理教育局所属党组织、党员和监察对象违反党纪、政纪的案件以及所属系统的重要违纪案件。受理对党员和监察对象的检举、控告以及党员和监察对象不服纪律处分的申诉。组织开展系统的执法监察工作，对考试、招生招聘、毕业生分配、教育收费等工作进行监察。会同有关处室抓好机关效能建设。受理对教育局机关工作人员违反文明行政、依法行政行为的投诉，受理机关工作人员不服纪律处分的申诉。组织、指导教育系统内部审计工作。完成市委教育工委、市教育局领导和上级纪检、监察部门交办的其他任务。
十四、老干部工作处
认真贯彻执行党和国家有关离退休工作的方针、政策,努力学习业务知识,提高离退管理服务工作水平。负责办理离退手续，落实离退休干部的政治、生活待遇；反映离退休干部的合理意见和要求；协助有关部门解决实际问题；维护离退休干部的合法权益。积极支持、协助离退休教育工作者协会开展工作，鼓励支持老有所为，组织开展各种有益于老同志身心健康的活动。会同有关部门做好对离退休干部、原校级领导及孤老的疾病和住院的探视工作。督促、协助有关部门做好离退休干部活动经费的提取，了解掌握使用情况。
十五、厦门市未成年人保护委员会办公室（加挂“厦门市教育局保卫处”的牌子）
负责市未成年人保护委员会的日常工作；落实和督促《未成年人保护法》和《预防未成年人犯罪法》及有关法规的贯彻实施；检查、督促和协调有关职能部门做好未成年人保护工作，指导各区和学校开展未成年人保护和中小学生安全工作；负责校园治安保卫工作，协助公安部门做好联防工作和查办骚扰、破坏学校正常秩序、侵犯师生正当权利的案件。
十六、厦门市语言文字工作办公室
指导监督检查社会各行业的语言文字工作；组织开展语言文字规范化工作宣传教育活动；指导推广普通话工作，负责组织重点行业专业人员普通话测试工作。