哭庙案是发生于清顺治十八年的“抗粮哭庙”事件，以及之后清政府对参与者的镇压。作家金圣叹参与并死于这次事件。“哭庙案”与“通海案”、“江南奏销案”，合称“江南三大案”。
案件经过顺治十八年，顺治驾崩，哀诏于二月一日下达吴县，府衙设灵举哀痛哭三日，此时苏州发生了历史上的“抗粮哭庙”案。顺治十七年新任吴县县令任维初，私取公粮三千余石，又逮捕交不出补仓粮的老百姓。以金圣叹为首的几个秀才，因同情农民的遭遇，写了“揭帖”到文庙哭灵控告县官，金圣叹将矛头指向包庇部下的巡抚朱国治。《哭庙文》写道：“顺治十八年二月初四，江南生员为吴充任维初，胆大包天，欺世灭祖，公然破千百年来之规矩，置圣朝仁政于不顾，潜赴常平乏，伙同部曹吴之行，鼠窝狗盗，偷卖公粮。罪行发指，民情沸腾。读书之人，食国家之廪气，当以四维八德为仪范。不料竟出衣冠禽兽，如任维初之辈，生员愧色，宗师无光，遂往文庙以哭之……”
朱国治大为震怒，当场逮捕了倪用宾等五名秀才。金圣叹第二天联络更多的群众去哭庙抗议，但他并没有出现在场面中。金圣叹在哭庙案中，是被牵连的，被逮捕的十一名主犯中，有倪用宾、沈玥、顾伟业、张韩、来献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐介、叶琪等人，其中并没有他。四月二十七日，金圣叹、丁子伟二人才被逮捕，金圣叹高呼先帝，被掌二十巴掌。朱治国将哭庙文的起草人金圣叹作为首犯拘捕，冠以“摇动人心倡乱，殊于国法”之罪，最后倪用宾、沈琅、顾伟业、张韩、束献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐玠、叶琪、薛尔张、姚刚、丁子伟、金圣叹、王仲儒、唐尧治、冯郅等十八人被判死罪，七月十三日立秋，在南京三山街执刑。《辛丑纪闻》记载：“至辰刻，狱卒于狱中取出罪人，反接，背插招旌，口塞栗木，挟走如飞。亲人观者稍近，则披甲者枪柄刀背乱打。俄尔炮声一震，一百二十一人皆毙死。披甲者乱驰，群官皆散。法场之上，惟血腥触鼻，身首异处而已。”据《哭庙纪略》记载，沈大章由其叔收尸，倪用宾、薛尔张、周江三人由顾予咸收葬；其余十四人则由亲人收葬。
顺治末年，一连串发生的“丁酉科场案”、“通海案”、“江南奏销案”、“哭庙案”、“庄氏史案”是清人入关实行“异族统治”必然的结果，所谓“朝廷有意与世家有力者为难，以威劫江南人也”（《研堂见闻杂记》）。