日本历史上继摄关政治之后的一个时代
藤原赖通“摄政”三代天皇，把持朝纲五十二年之久。然而，他的女儿藤原[女原]子虽然家为朱雀天皇（930-946年在位）的妃子，却终身没有生下可以继承皇位的皇子。另一方面，一百七十多年来藤原氏摄关家的腐朽统治已经在社会上积蓄了普遍的不满，仕途无门、长期受压的中小庄园主们更是满腔愤懑，渴望变革。
1068年，与藤原氏家族没有血缘关系的后三条天皇，壮年即位，性格豪放，开始尝试打破摄关家族对朝政的垄断。正所谓“非我族类，其心必异”。这位天皇在位只有四年，但却为摄关政治画上了句号，创造出日本政治的新篇章。
支撑摄关家权势的经济根基，在于遍布日本各地的私家庄园。私家庄园与摄关家族保持着经济效忠于政治庇护的利益关系。而这种利益勾结，侵吞的正是天皇朝廷的财政基础。因此，对财政根基的争夺成了后三条天皇的改革入口。
1069年2月22日，后三条天皇颁布内容严厉的《延久庄园整理令》，设立类似于国土管理局的“记录庄园券契所”；任命亲信担任稽查官员，严格审查各庄园领主、国司乃至摄关家的庄园文书，发现证书不全，便没收庄园，即使是摄关家的庄园也不能豁免。此次整治收效明显，不仅壮大了皇家的经济基础，还打击了摄关家的权威。尊奉摄关家为“领家”的庄园主们看到天皇权威有恢复的趋势，便随风转舵，纷纷与摄关家脱离关系，转而把庄园“寄进”给天皇，换汤不换药，等于是追捧天皇为自己的新“领家”。归附天皇的中、小庄园主及其武士集团，成为天皇政权继续改革的政治依靠。
1073年，后三条天皇去世后，白河天皇即位。1086年，为了彻底摆脱摄关家的控制，白河天皇让位于年仅八岁的掘河天皇，自己以“上皇”的身份继续掌管朝政。这次皇位禅让，实际上是一种明修栈道、暗渡陈仓的政治手腕：针对摄关家的控制，天皇索性将计就计，让出皇位带走实权，使得摄关家的控制目标完全傀儡化。自己就“金蝉脱壳”，创新制度，获得新的权力空间。
上皇的居所称为“院”，上皇“执天下政”的时期，世称“院政时代”。上皇的办公机构成为院厅，院厅中的官员称为“院司”，院司多有天皇的亲信担任，院厅发出的文书称为“院厅下文”，上皇的指令称为“院宣”。院厅还设置“北面武士”等机构，依靠以源氏和平氏为代表的新型武士集团为武力支柱。
院政时代持续了将近一百年，共经历了白河上皇、乌羽上皇和后白河上皇三代。三位上皇都具有强烈的专制性格，随着上皇权势的日渐强大，“院厅下文”和“院宣”也更具有权威性。摄关家虽然继续把持摄政和关白之职，但是，由于中小庄园领主纷纷投靠上皇，使摄政、关白府第“门前冷落鞍马稀”，日薄西山暮气沉。
为了扫荡摄关家的基层势力，上皇又推广“知行国”制度，把各个属国及其税收封赏给大贵族和武士首领。这些大贵族和武士首领于是派儿子或亲戚前往封国担任“国司”，与摄关家族的地方势力分庭抗礼。
然而，前门拒狼，后门引虎。上皇对武士集团的过度依赖，又为武士干预政治提供了条件。十一世纪中叶，实力雄厚的武士首领源氏，就以“天下第一武勇之士”的身份出入朝廷。到十二世纪初，源氏家族中担任重要官职的人数已经超过了藤原氏摄关家族。另一个强大的武士集团——平氏家族，也在朝廷中赢得了举足轻重的地位。
政权动荡、危机四伏之际，上皇的心思却又飞向了佛教天国。连续三位上皇信奉佛教，都到寺院出家做了“法皇”。为了获得更多的钱财修建大寺院，上皇常常任命有钱的贵族去担任“知行国”的国司，朝廷中大兴卖官鬻爵之风，吏治腐败。而且，信佛的白河法皇禁止杀害一切生物，犯禁者杀无赦。渔夫和猎户失去了谋生之路，渔猎供应断绝，国人吃不到鱼和肉，怨声载道。
同时，上皇的近臣和摄关家之间、上皇与天皇之间、院厅与太政官之间的多重矛盾、利益冲突也不断地发生。
1129年，鸟羽法皇让位于儿子崇德天皇之后不久，又逼其让位给弟弟后白河天皇。由此埋下了两兄弟相互仇恨的种子，导致皇室内斗、兄弟相残。公元1156年，鸟羽上皇去世，身为兄长的崇德上皇与弟弟后白河天皇之间爆发了战争。结果，弟弟后白河天皇先发制人，打败对方，将哥哥崇德上皇流放到赞岐（今香川县），史称“保元之乱”。
在“保元之乱”中立下战功的源义朝，不满受封官位低于平清盛，投靠藤原信赖。1159年，趁平氏离京城参拜神社之机，源氏与藤原联手拘禁了上皇、天皇，引发“平治之乱”。
平清盛得知消息后，立刻率兵回京，杀死源义朝、藤原信赖。打倒源氏之后，平氏势力急剧膨胀，确立了霸权地位。然而，源氏的故事并没有就此终结，源义朝的儿子，十三岁的源赖朝，被流放到伊豆半岛，为日后源氏的再度兴起埋下了希望的种子。
