艋舺清水巖，俗称艋舺祖师庙，是台湾三级古迹。艋舺清水巖位在台北市万华区，与艋舺龙山寺、大龙峒保安宫合称为台北三大庙门。为受道教、民间信仰影响极多的庙宇。除主祀安溪县守护神清水祖师以外，并陪祀天上圣母妈祖、关圣帝君、文昌帝君、魁星、 福德正神等众神祇。
乾隆五十二年（1787年），渡海来台的福建泉州安溪移民，公推翁有来为董事，募得三万元，为其从原乡安溪县湖内乡清水巖，携来的清水祖师香火，修筑庙宇，乾隆五十五年（1790年）落成。
清仁宗嘉庆二十二年（1817年）六月，台风侵袭艋舺清水巖，翁有来於是又向乡人募捐五千元重修。
清文宗咸丰三年（1853年），泉州三邑人为了争夺艋舺的商业利益，与同安人间发生「顶下郊拼」事件，泉州三邑人欲攻打同安人，但苦於艋舺祖师庙的阻隔。於是威胁利诱，终於使安溪人借道给泉州三邑人，让泉州三邑人焚毁阻碍其路线的艋舺祖师庙。
事後，安溪人自己负责重建的工作。由本庙董事白其祥向安溪移民，募款银二万五千元重建祖师庙，於清穆宗同治六年（1867年）整修，但是迟至清德宗光绪元年（1875年）方完工。祖师庙原有三殿，格局完整，现只馀两殿，前为三川殿，中为正殿。而後殿在顶下郊拼时毁於战火，迄今未建。
日本治台时期之初的明治二十九年（1896年）时，祖师庙被台湾总督府，充做为国语学校的附属学校。
大正十一年（1922年），台北州立第二中学亦在祖师庙址草创，并把此事记载入其校歌。台北州立第二中学，也就是现在台北市立成功高中的前身。
在台北的清水祖师庙中，以艋舺祖师庙、三峡祖师庙与淡水祖师庙三地最为重要，其中又以艋舺祖师庙最具历史特色，象征泉州三邑人、同安人、漳州人与客家人外的第四种移民势力，还见证了「顶下郊拼」，这场影响台北历史甚钜的械斗事件。
清水祖师为安溪人的守护神，早期，台北盆地周围多为安溪移民所开拓，故台北地区清水祖师庙林立。
庙内文物
正殿挂有「功资拯济」匾额，此为清光绪皇帝因中法战争淡水告捷，所赐之皇帝御笔匾额。 光绪年间，中法战争时，法军侵犯淡水，台北告急，民间一致认为，是因为淡水方面，迎请了艋舺祖师庙的清水祖师神像助阵，祖师显灵，法军方败於淡水，台北方能不陷。自此神迹，艋舺祖师庙香火更为鼎盛。 淡水祖师庙正殿亦挂有「功资拯济」匾额之复制品。
