云南文山国家级自然保护区位于滇东南文山壮族苗族自治州的文山县和西畴县境内，地理坐标为东经103°53′～104°10′、104°41′～104°52′，北纬23°16′～23°25′、23°21′～23°24′，属森林生态系统类型的自然保护区。保护区总面积26 867.0hm²，核心区总面积为10 304.62hm²，缓冲区面积7 793.48hm²，实验区面积8 768.90hm²。文山自然保护区始建于1980年，2003年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。
保护区分布有维管束植物228科1046属3347种（据后文统计），其中蕨类植物41科100属262种，种子植物187科946属3085种，分布密度达每平方公里有12.5种维管束植物；其中有国家一级重点保护野生植物5种，二级重点保护野生植物32种。分布有兽类9目29科60属86种，鸟类13目37科221种，两栖爬行类5目22科56属92种，鱼类4目15科44属60种（亚种），昆虫11目75科222种；其中国家一级重点保护野生动物18种，二级重点保护野生动物20种。
该区也是华夏植物区系的核心部分，是种子植物演化中心，古老和新生类类群在此地同时发展，而形成一个植物演化的历史博物馆，可看到许多种子植物清晰的演化史。保护好这个植物生存的大环境及其丰富的植物物种，对研究植物进化及种子植物起源有着重要理论意义。