中国科学院沈阳应用生态研究所标本馆始建于1954年，是目前东北地区标本保藏量最大、门类齐全的综合性生物标本馆。现藏有各类标本52.1万份。其中,维管束植物标本26万份，苔藓标本12万份，地衣标本3万份，高等真菌标本1.5万份，昆虫标本6万份，病害标本1万份，微生物菌种2.5万株，木材标本1千份及土壤标本2万份。此外还收藏生物分类区系方面的文献资料一万多册。
本馆现有研究人员8人，标本管理人员5人。主要开展植物系统与进化、植物多样性保护和持续利用，森林病虫害，微生物资源的系统学及应用开发等方面的研究工作。建馆以来，37项科研成果获省部级以上奖励，出版专著80余部，发表学术论文千余篇。本馆已成为我国东北地区生物资源研究和开发利用的重要基地和东亚苔藓植物研究中心之一。
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