在 rDNA 基因中，16S rDNA 和 23S rDNA 基因间隔序列称为（ITS），它的长度和序列变化较大，将其扩增物进行 RFLP 或序列分析，可用于对细菌的不同生物型、菌株、种、属进行分类鉴定。甚至用于区分关系非常近的种。