中国农业科学院棉花研究所成立于1957年。2000年3月31日增挂河南省棉花科学研究所牌匾。全所有职工479人，其中科技人员200人，有土地247公顷，在海南岛有野生棉种植园。
设有办公室、党办人事处、科技管理处和产业发展处4个管理部门，品种资源、生物技术、遗传育种、耕作栽培、植物保护、小麦玉米和情报资料7个研究室，科技贸易公司、试验农场总场和纺纱试验室3个经济实体，国家棉花改良中心、国家棉花新品种技术研究推广中心、中国棉花学会、农业部棉花品质监督检验测试中心、农业部棉花遗传改良重点开放实验室和中国农科院旱作南繁中心挂靠在我所。
作为全国棉花科研的中心，立足黄淮海平原、面向全国，开展棉花应用和应用基础研究，主持全国性棉花重大科研项目，解决棉花生产中的关键技术问题，开展国际棉花科技交流，培养棉花科技人才，宣传推广科技成果与先进植棉技术，编辑出版棉花专业书刊，为发展现代化植棉业服务。1996年农业部对全国1220个农业科研单位综合评估中，我所进入全国农业科研开发综合实力“百强”居第二名，全国农业基础研究实力“十强”居第六名。
现任所长喻树迅研究员，男，1953年11月生，1979年毕业于华中农业大学农学系。 博士生导师，国家级专家。主要从事棉花遗传育种工作。先后育成8个早熟棉花新品种，累计推广面积1.3亿亩，获经济效益117亿元。其中“中棉所16”获国家科技进步一等奖、“中棉所20”获国家科技进步二等奖，“中棉所18”、“中棉所10”获农业部科技进步三等奖。在《作物学报》、《中国农业科学》等一类期刊上发表论文42篇。主持我国棉花“九五”科技攻关、国家转基因专项、跨越计划等8个研究项目与专题。经费总计1500万元。现任国家棉花品种改良中心主任，兼任全国农作物审定委员会棉麻专业委员会主任委员、全国农技推广协会高新技术专业委员会副主任委员、中国棉花学会副秘书长、中国农科院学术委员会委员、中国农科院职称评委会评委。入选人事部“百千万人才工程”第一二层人选、农业部“人才神农计划”和中国农科院“首届跨世纪学科带头人” 、科技部“300名科技骨干”（排名第一）。
