中国农业科学院上海兽医研究所的前身为中国农业科学院家畜血吸虫病研究室，成立于1964年10月，1982年2月改名为中国农科院上海家畜血吸虫病研究所，1988年组建了药化研究室，1989年7月更名为中国农科院上海家畜寄生虫病研究所。1996年11月和2000年1月先后在研究所的基础上组建了农业部动物寄生虫学重点开放实验室和上海动物生物技术研究中心，主要研究方向从建所初期单一的动物血吸虫病防治研究拓展到畜禽寄生虫病防治、创新兽药和动物生物技术研究。在原先以动物血吸虫病流行病学、诊断、治疗为主的研究领域基础上，拓展了免疫学、病原分子生物学、动物药学、病原功能基因组学与蛋白质组学、生物信息学、动物疫病防治、兽医公共卫生、动物营养等新的研究领域。2004年在所的基础上组建了国家防治动物血吸虫病专业实验室和动物传染病防治研究室。2004年11月20日，中国农科院专门召开会议讨论确定研究所的学科建设重点：以血吸虫病等重要人、畜共患寄生虫病和严重危害畜牧业生产的畜、禽寄生虫病的防治研究为优势、特色、亮点学科，以创新兽药和动物生物技术应用研究为重点建设学科，以动物医学研究中心组建为契机，积极拓展动物疫病防治研究和兽医公共卫生研究领域，几个学科相辅相成，协调发展，形成具有整体优势的动物医学学科群。
研究所现有职工110名，其中科技人员69名，研究员8名，副研究员10名。45岁以下科技人员占科技人员的88.4%，具有博士、硕士学历的占51%。现有中国农科院一级岗位杰出人才1名，二级岗位杰出人才2名，三级岗位杰出人才7名，入选人事不百千万工程和神农计划1人，农业部中青年专家3人，中国农科院跨世纪学科带头人2人。同时聘请11名造诣精深的国内外寄生虫学、预防兽医学、基因工程学、蛋白质工程院士、专家做研究所的客座研究员。研究所现设有国家防治动物血吸虫病专业实验室、农业部动物寄生虫学重点开放实验室、动物寄生虫病防治研究室、动物药学研究室、上海动物生物技术研究中心、动物传染病防治研究室等6个研究室（中心）、及清洁级实验动物房、大家畜试验场、科技培训部等配套设施。
研究所面向国家需求，围绕日本血吸虫病等重要人、畜共患病与严重危害畜牧业生产的畜禽疫病的防治研究等领域开展前瞻性、关键性的应用新技术和基础理论研究，承担总理专项基金、‘973’前期项目、国家‘863’计划、国家自然科学基金重点项目等国家、部门、地方的重大科技任务，同时还承担了10余项世界卫生组织、欧盟等国际合作项目，组织相关项目的协作攻关，开展国内外学术交流和合作。培训基层技术人员，加强科技成果的推广和转化。编著出版专业著作和学术期刊。1981年被国务院学位委员会批准为首批硕士学位培养点，1984年被批准为博士学位培养点，1999年建立博士后流动站，为国家培养高级农业科技专业人才。建所以来获各项科研成果45项，其中“农业血防综合治理新技术”获寄生虫领域第一个国家科技进步二等奖；研制成功国家一类新兽药“盐酸锥双净”、二类新兽药“地克珠利”（获国家科技进步三等奖）和国内第一个获新兽药证书的球虫病免疫预防苗(DLV疫苗)。一批先进实用的畜禽寄生虫病防治新技术和新产品，在现场推广应用后，产生了重大的经济和社会效益。申报国家发明专利15项，获得国家新兽药证书7项，出版专著32部，发表论文800余篇。在家畜血吸虫病、鸡球虫病等
重要寄生虫病的流行病学、诊断、治疗、免疫学与免疫预防及综合防治研究，动物寄生虫虫种资源的收集、整理、保存及共享平台建设，动物疫病病原分子生物学、功能基因组学与蛋白质组学，新兽药的研究，兽药新制剂及给药技术、药物评价、药物分析及兽药残留检测等研究方面都做出了较大的成绩。连续三届被卫生部、农业部、水利部授予全国血防先进集体称号。被评为上海市和中国农科院文明单位。对推动我国寄生虫学与寄生虫病学科学进步，为控制我国寄生虫病的危害，保障人、畜健康、促进畜牧业和农村、农业经济发展和农民收入的提高作出了积极贡献。
2002年3月22日，中国农业科学院向上海市人民政府提议共建国家级动物医学研究中心，得到上海市人民政府的高度重视，积极响应我院的提议，并全力支持。动物医学研究中心以上海家畜寄生虫病研究所为主体，通过向国内外招聘相关领域高级人才组建，并充分利用上海在生命科学研究领域及人才、经济、信息等突出优势，努力建成国家级动物医学科技创新中心、动物医学产业中心和国际动物医学科技交流中心。
中心项目计划建设总建筑面积15860平方米，总投资8450.33万元。中心经过三年多的前期筹备工作，已取得了实质性进展：落实了项目建设用地（上海交通大学闵行校区附近）和建设资金，2006年初有望动工建设。2007年建成并投入使用。该中心由八个科研创新机构和两个管理机构组成。其中科研创新机构包括国家防治动物血吸虫病专业实验室、农业部动物寄生虫学重点开放实验室、动物生物技术研究室、动物传染病防制研究室、动物药学研究室、畜产品安全研究室、科技信息情报研究室、研究基础条件部；管理机构包括科研管理处、综合办公室。
中心的主要方向任务是根据国家战略需求和追踪国际科技前沿需要，承担国家动物疫病防疫中的全局性、基础性、关键性、方向性的重大科技任务，解决与其相关的重大科技问题，带动和推进全国动物疫病防制理论和技术的科学发展与技术进步。其重点研究领域是围绕我国的重要人畜共患疫病和严重危害畜牧业生产的重大动物疫病，特别是在南方流行的重要疫病，如日本血吸虫病等重要的热带病、水禽病、宠物病等，开展病原学、流行病学、免疫学、诊断检测与综合防治技术、基因工程、蛋白质工程、动物药学、生物信息学等的基础理论研究、应用基础研究、应用技术研究，为有效控制我国动物疫病的发生和防止国外动物疫病的进入提供先进的技术和产品，建立我国重大动物疫病的防制理论体系。同时，针对我国动物重大疫病的防疫需求，开发、转化先进、实用的产品与技术，以交钥匙工程不断向企业提供高附加值的产品与技术，促进我国动物医药行业的科技进步。
附：5个主要学科介绍
（1）动物寄生虫学与寄生虫病防治研究
建设思路：针对我国畜牧业迅速发展，畜、禽饲养方式发生较大改变和在新的社会经济、环境条件下，畜、禽寄生虫病流行、危害及防治面临的新情况、新问题，加强新时期人畜共患寄生虫病和重要畜、禽寄生虫病的流行病学、诊断、治疗、免疫、综合防治、寄生虫病原分子生物学、抗药性机理、我国畜、禽寄生虫虫种资源的收集整理和保存、外来寄生虫病监测等研究和技术平台建设，为我国畜、禽寄生虫病的控制、畜牧业发展、人类健康、农民增收、农村经济发展提供新技术、新产品。
主要研究方向：新时期动物寄生虫病的流行病学和综合控制技术研究；寄生虫功能基因组学与蛋白质组学研究；动物寄生虫病原和媒介生物学研究；动物寄生虫虫种资源收集、整理、保存和共享平台建设；动物寄生虫的致病机理与免疫学研究；动物寄生虫病的诊断监测与免疫预防新技术研究；动物寄生虫病与人类健康、环境卫生和社会经济发展关系的研究；新发和外来动物寄生虫病的诊断和控制技术研究。
（2）动物药学
建设思路：研究开发高效、低残、安全的抗菌、抗寄生虫药物。在化学药物的合成，天然药物有效成（组）分的提取、分离、鉴定；兽药新制剂和给药方法的研究；新药与药物新制剂的药效学、药理学、毒理学、药代动力学、药物残留研究等领域积极开展工作。根据我国兽药研究与开发的实际情况以及新兽药研究与开发的特点，采用知识创新和技术创新相结合的方式建立起有我国自身特点的兽药学科创新体系。吸收、消化、改造、利用国内外新技术，研究开发具有自主知识产权的创新产品和有市场前景的特色产品。
主要研究方向：化学药物的合成；天然药物有效成（组）分的提取、分离、鉴定与合成；新抗生素的筛选及半合成；兽药新制剂和给药方法的研究；新药与药物新制剂的药效学、药理学、毒理学、药代动力学、药物残留研究；环境友好”药物的开发研究。
（3）动物生物技术
建设思路：跟踪生物技术国际发展前沿，重点开展动物疫病病原分子生物学、细胞工程、免疫学，动物生物反应器，人类重大疾病的治疗、预防药物、保健品及诊断试剂盒等医药生物技术产品的研究。
主要研究方向：动物疫病病原的分子生物学、基因工程、细胞工程的研究；动物功能新开发利用的分子生物学；动物生物反应器、医药生物技术产品的研究；生物制品安全性评价。
（4）动物传染病防治研究
建设思路：以在我国流行的重要人、畜共患传染病和危害严重的动物传染病防治研究作为重点，充分利用上海在生命科学研究领域里的优势和已建立的生命科学研究的技术平台，开展重大动物疫病病原分子生物学、分子检测技术和基因工程疫苗等研究。开展热带病、水禽病、宠物和实验动物疾病的检测防治研究工作。
主要研究方向：动物传染病病原分子生物学、基因结构与功能研究；动物疫病防治新技术研究；热带病、水禽病、宠物和实验动物疾病的检测与防治技术研究；动物传染病与人类健康的关系研究等。
（5）兽医公共卫生
学科建设思路：应用生物技术和现代仪器分析手段，开展肉、蛋、奶等动物源性食品的安全监测技术研究，以建立快速、高效的检测手段和检测方法，确保食品安全，保障人类健康。运用《产品质量法》、《饲料卫生标准》等法则，开展饲料品质的快速监控。
主要研究方向：动物源性食品兽药、农药、添加剂残留检测技术和方法的研究；动物源性食品中病原微生物及其它有害物质污染检测技术研究；快速检测试剂盒研究；畜产品安全与饲料卫生的评价、分析研究。
