南湖第二中学是南湖小区建设中两所配套中学之一， 1985年12月建成。
市教育局教字（85）198号文件命名为“南京市南湖第二中学”。校址湖西路19号。2003年对学校旁边的河道进行改造，新的学校大门落成，校址改为南湖湖西街28号。
学校1986年暑期开始招生。1989年经市、区教育部门批准，增设了职业高中、职业中专，形成了普教、职教共同发展的办学模式。2001年8月在市区教育布局调整中，职业高中、职业中专全部并入莫愁职业学校。同年学校创建成为江苏省教育现代化示范初中，学校占地三万多平方米，建筑面积一万多平方米。近年来，在上级领导的关心、支持下，陆续装备了多媒体音乐教室、美术专用教室、演播室、宽带网、多媒体教学系统、开通了教育一线通、建立了校园局域网、独立的学校网站及宿舍、餐厅等生活设施。设施先进，环境优美。
学校现有在职教职工100多名，在校学生近千名。学校有市优秀青年教师、市德育先进工作者、区学科带头人、区优秀青年教师、区优秀班主任、区德育先进工作者多名。学校秉承陶行知“学教合一”的教育思想，坚持“以人为本，可持续和谐发展”的办学理念，于2005年创办了“陶行知”寄宿制特色班，积极探索学校办学的新途径。
建校20年来，在历届领导班子的带领下，全体教职员工团结拼搏、奋发进取，使学校面貌发生了巨大变化，办学规模不断扩大，教育教学质量、不断提高，多次受到省市区表彰。先后获得了“江苏省青少年科技教育特色学校”、全国“中华美德教育优秀实验学校”、“南京市德育先进学校”等荣誉称号。2005年中考，建邺区状元及第二名均被该校获取。
学校将以二十年校庆为起点，总结办学经验，促进和谐发展，再创新的辉煌。
