此佛学院最早是由绛央钦则旺波大师和大伏藏师曲久领巴依照"如在康区的谢马塘，建一个讲修的寺庙，将对佛教产生大利益"这一授记（预言），而于1871年4月，由钦则大师亲自修了一座六根大柱的大殿，连同厨房围墙等，取名为"三部怙主幻化寺讲修兴盛洲"。并在寺中讲授"心性修息"等法类。绛央钦则大师为第一任堪布，第二任为局·麦傍仁波切，第三任为土登曲极扎巴，第四任为绛央曲极洛珠，他们在此寺和宗萨寺大开显密经续的法门，是康谢佛学院正式成立之前的四代堪布。
1918年，第二世钦则仁波切绛央曲极洛珠重新扩建此寺，修建了塑有六十肘高的弥勒佛塑像的讲经堂和僧舍等，将此寺建成了真正的讲学院，学院第一代堪布为加色言彭曲极朗瓦，任期二年。第二代为温得钦绕曲极威色，任期十年；第三任为喇嘛绛央加称，任期一年多；第四任扎雅洛珠五年；第五任德雄曲丕五年；第六任康玛仁青多杰三年；第七任多色土登加称八年；第八任麦尼当曲五年；第九任扎雅钦绕僧格约三年。当时按照发给生活费的学员五十名，加上不发给生活费的学员约有一百人左右。
佛学院的学习课程安排十分严谨，主要学习书籍有《毗奈耶》三百颂和四百颂、《别解脱经》、《根本说一切有部毗奈耶花 》、《律经根本律》、《入行论》、《中论》等中观六论、《中观四百论》、《入中论》、《中观庄严论》、《集量论》、《释量论》、《定量论》、《宝量论藏》等。《阿毗达摩集论》和《俱舍论》、《开显能仁密意》、《慈氏五论》、《三律仪论说》及增补、《自性大圆满三律仪论》、《续部贫义》、《喜金刚》等佛学显密经论。和文法、诗学、星算、梵文声明等选修课程。
从佛学院毕业的学僧中，闻名于全藏的有八十多位有关他们的事迹请参阅康谢佛学院的详细校史。
1958年佛学院被毁坏，1986年全国人大副委员长班禅大师在康区视察时，亲自批准康谢佛学院和宗萨寺小学重新恢复办学，并为学院题写校名："宗萨康谢佛学院讲修兴盛林"。同年九月二十二日，学院教学发排于宗萨寺里大殿中。
后来第三世钦则仁波切绛央士登曲极加措等，回来出钱帮助，1989年，在康谢学院原来的废宅上，重建了大殿和僧舍，同年10月8日学院从寺庙迁回康谢。1994年，里登寺曲钦的儿子乌金东加活佛回来出钱支助，修建了佛学院后面的钦则仁波切和大堪布的寝室和家中法堂以及五十四间僧舍。
后来，甘孜州宗教局和德格县宗教局于1995年光后正式下文批准佛学院办学并正式使名为"德格宗萨康谢五明佛学院"。
佛学院恢复办学时的堪布班马当秋为第十任，任期五年，第十一任土登绕萨六年，现在任职的堪布为第十二任堪布才登，现在佛学院的教学工作等即由以上这三位大堪布共同担任。
佛学院的教学除恢复以前课程以外，还按照钦则曲极洛珠大师的主张增设了《幻化网·秘密藏》、《修道次第·智慧藏》，噶举派的《甚深内义》、《喜金刚二品》、《续部讲义》等新旧密典的教授，并在大堪布的家庭法堂中，单独传授"道果"和"大圆满""大手印"等甚深见性法门。另外、佛学院还增设了绘画、塑像、板画，刻板等手工技艺和藏医药学等选修课程。
佛学院从开始恢复办学时的六十多人到现在的二百人左右，已毕业了许多优秀的学员，他们新开设了德格更庆佛学院、鄂尔寺佛学院等十八座佛学院，并且有二十五人担任了前藏和康区大寺庙的堪布，广作利益佛教和众生之事业。
