济宁学院附属中学于1991年9月4日成立，其前身为济宁市杨坊街小学，创建于1952年，位于济宁市中区杨坊街。1953年迁到清华洞原庙址（现太白中路9号），在当时的庙南一片荒地上开辟为校园。1955年又将庙东的一座废砖窑及十余户居民迁走，将校园扩大到约45亩地。学校先后更名为清华洞小学，师范附小，实验小学，1969年开始招初中班。1969年，教育受到冲击，原济宁市革委扩大规模，向西占用学校用地30米（约7亩）。1972年学校更名为济宁第七中学，原小学改为小学部。1979年秋，中、小学分家，中学部分得校南部，用地23亩，仍被命名为济宁市第七中学。1983年根据济宁市委、市人民政府（83）26号文件精神，更名为济宁第四中学。1991年根据济宁市委、市人民政府（1991）83号文件精神，更名为济宁师专附中，成建制归属济宁师专，根据（济编1992）87号文件精神，定为副县级单位。
济宁学院附中地处孔孟之乡、运河之滨，她秉承了数千年儒家文化之风范，汲取了悠远绵长的运河文化之精华，形成了自己浓厚的文化特色。其前身是清华洞小学、实验小学、济宁市第七中学、济宁市第四中学。1991年9月经济宁市人民政府批准，更名为济宁师范专科学校附属中学，隶属于济宁师范专科学校。2000年6月原济宁市第十中学并入附中，2003年7月1日，原济宁市第六中学并入附中。目前，学校已形成一校三区的格局。
近几年，附中在济宁市城区中考中，成绩一直名列前茅。社会声誉与日俱增，成为城区学生向往的济宁市一流的“窗口式”学校。从1998年以来，学生参加国家、省、市各类竞赛，成绩显著，共有120多人次获一、二、三等奖。从2000年至今，附中学生连续六年获“山东省英语十佳”称号，其中2003年陈曦同学获“山东省英语十佳”第一名。2004年12月姜蕴璐获首届山东省“十佳中学生”称号。2000年8月，在山东省“扭一扭”杯跳绳总决赛中，获得集体原地跳第一名，集体花样跳第一名。1998年附中被定为山东省教育科研重点实验基地，1999年被山东省教科所定为首批创新教育示范学校，把“培养学生的创新精神和实践能力”作为教育教学的核心。2000年 9月 14日山东省小交警韵律操表演现场会在附中隆重举行。2000年7月份山东省创新教育工作会议在附中召开，2003年10月山东省第三届创新教育工作现场会在附中召开。
2001年1月济宁学院附中《清华风》社刊成立；2002年9月学校成立了心理教育室，创办了《心灵季风报》；2002年10月附中《教科研通讯》创刊成立。附中装备了国内一流的教学双向控制系统、多媒体教室、语音室、微机室、电子阅览室、现代化的老师微机办公室、实验室、微格教室、音像库、电视演播厅及千兆校园网络。同时配备了国内一流的天文台和天象馆，填补了济宁市中小学天象科学与研究的空白。附中先后获得“济宁市规范化学校”、“山东省初中教学先进单位”、“山东省级优秀党支部”、“山东省重大课题研究先进单位”、“山东省体育传统项目学校”、“山东省科普示范学校”、“山东省级文明单位”、“全国群众体育运动先进单位”、“山东省精神文明单位”、“山东省教学示范学校”、“山东省规范化学校”、“山东省中小学教师校本培训示范学校”等荣誉称号。
