位于六榕路,寺塔始建于南朝刘宋年间（420年－479年）。
六榕花塔位于六榕寺中央。平面呈八角形，外观9级，内连暗层共17层，高57.6米。塔身除斗拱及楼层、栏杆用木制外，其余大部分用砖砌就，作井筒结构，首层直径12米，各层砌砖叠涩挑承平座和瓦檐，并逐层向内收进，塔壁上多处有“广州净慧寺宝塔砖劝首林主簿并转运司监劝史首王”等铭文砖，首层的副阶和各层琉璃瓦檐出檐较浅，则是晚清重修时的式样。二层以上的木栏杆，1980年修复时采用仿宋式斗子蜀柱勾栏式，楼梯作穿塔壁绕平座式。竖立于塔端中央的塔心柱用铜柱，铸于元至正十八年（1358年），柱身密布1033尊浮雕小佛像和云彩缭绕的天宫宝塔图。千佛铜柱连同塔顶上的金色火焰宝珠、双龙珠、九霄盘、覆盘和8根铁链等整串构件，重逾5吨。
塔东的天王殿，面阔三间14.72米、进深二间5.1米，六架椽屋分心用三柱，檐柱外出两跳插拱承托挑檐梁，碌灰筒素瓦，硬山顶，保存了明代的建筑风格。六祖堂，供奉北宋端拱二年（989年）铸造的六祖铜像，为跏趺坐，高1.35米、宽1.16米、座高0.71米，为宋代雕刻精品。1987年建的大雄宝殿内的释迦牟尼、阿弥陀佛和药师佛（每尊高6米、重10吨）及观音殿内的观音像（高4米，重约5吨），均系康熙二年（1663年）铸造，原安放在大佛寺，是省内现存最大的古代黄铜铸像。“文化大革命”中被拆下，20世纪80年代起供奉于六榕寺。
梁大同三年（537年），诏许昙裕法师在此兴建一华丽的木塔，供奉从海外迎回的佛舍利，赐名宝庄严寺舍利塔。北宋初年，焚于火，寺仍存而塔已湮灭。宋端拱二年（989年）重修寺院，改称净慧寺。绍圣四年（1097年）主簿林修与信士王衢归沙门道琮于舍利塔故址重建宝塔，下瘗佛牙舍利，龛藏贤劫千佛像，故易名千佛塔。元符三年（1100年），著名文学家、书法家苏东坡来寺，见塔畔植有苍翠的榕树6株，欣然手题“六榕”寺榜，后来遂称六榕寺。千佛塔于清初重修后，因塔身檐壁色彩斑斓而有花塔之称。
初期寺门南向，占地广袤。明洪武六年（1373年）割寺之半为永丰仓，仅存塔及观音殿。两年后僧人于塔东重建觉皇殿，改门东向。洪武二十八年（1395年）净慧寺一度归并于西禅寺，以后明正统、嘉靖、万历、天启及清乾隆、咸丰、同治年间均有重修。如今六榕寺占地7000多平方米，殿堂房舍多为清代以来重建、新建。民国初年补种榕树，并建补榕亭以纪念苏东坡。1980年重修花塔、六祖堂等处，扩宽塔院，1983年、1987年先后重建大雄宝殿和观音殿。1993年又建藏经阁。
寺内还有碑记10余方。“初唐四杰“之一的王勃曾在此留下墨宝。
1989年6月广东省政府公布为省级文物保护单位。2006年被公布为国家级文物保护单位。
