厦门市疾病预防控制中心是在原厦门市卫生防疫站的基础上于 2003 年 7 月组建而成，是全市疾病预防与控制的技术指导中心和技术咨询、服务机构，是政府实施疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导等职能的公益性事业单位。
中心编制数 118 人，设有 3 个职能科室和 10 个业务科室，有办公和实验场所 18000 平方米 ，拥有核酸测序仪、 PCR 仪、 ICP-MS 、液质色谱仪、气质联用仪等一批先进仪器设备，具有较强的检测能力。 1998 年通过省级计量认证， 2001 年取得 HIV 抗体初筛中心实验室资格， 2002 年通过国家实验室认可； 2004 年被评为福建省唯一的“非典”检验平行实验室； 2006 年通过国家 HIV 确认实验室现场评审。中心还是福建医科大学和厦门大学医学院预防医学专业的教学基地。
在全体疾控人员的共同努力下，中心先后获得“全国卫生防疫防病先进集体”、“全国乙肝疫苗接种先进单位”、“全省碘缺乏病防治工作先进单位”、“全国消灭脊髓灰质炎工作先进集体”、“全国结核病防治先进单位”和“厦门市防治非典工作先进集体”等荣誉称号。 2003-2005 连续三年获市直机关 “文明单位”称号， 2006 年被市政府评为市级文明单位。
厦门市疾病预防控制中心的主要职责是：
制订全市疾病预防控制技术对策和措施，并负责指导和组织实施；
为拟定与疾病控制和公共卫生相关的法规、规章、政策、标准、规划等提供科学依据，为卫生行政部门提供决策咨询；
负责疾病预防和控制信息的收集整理、统计分析、综合评价及疫情报告；
开展疾病预防控制相关的监测技术和科研、培训、咨询、疾病预防指导和开展公众的健康教育与促进；
负责对生物性、社会性、职业性等因素所致疾病流行病学调查，承担疾病预防、控制及卫生学评价等任务；
指导社区卫生服务和初级卫生保健工作；
通过卫生行政部门的认证，承担预防性健康检查工作及健康相关产品的卫生质量检验、出证，涉及公共卫生相关场所的卫生学评价；
参与突发公共卫生事件调查处理，承担救灾防病工作；
进行应用性科学研究，开展对外交流与合作，开发、引进和推广新技术、新方法；
完成卫生局交付的其他任务。
厦门市疾病控制中心将积极探索疾病预防控制的新途径，充分发挥技术、设备优势，广泛开展疾病预防控制和公共卫生领域的科学研究，为消除疾病、保护广大群众的身体健康，促进我市社会经济发展作出更大的贡献。
