为适应疾病谱和医学模式改变，扩大疾病预防控制功能，优化卫生防病资源，增强突发公共卫生事件应急能力，提高卫生防病科技水平和服务质量，根据全国和上海市卫生工作会议精神和要求，1998年11月上海在全国率先组建成立了第一个省级疾病预防控制中心――上海市疾病预防控制中心。同时，按照功能对应、分级管理和能级指导的要求，组建区、县疾控中心和社区卫生服务中心，形成上海市疾病预防控制三级网络体系。
上海市疾病预防控制中心是实施市政府卫生防病职能的公共卫生核心专业机构，集疾病预防控制与应急、监测检验与评价、应用科研与指导、技术管理与服务、综合防治与健康促进为一体，旨在预防和控制危险因素、疾病、伤害和失能，提高全人群健康水平和生命质量。在继续加强传染病预防控制的同时，积极开展对慢性非传染性疾病和健康危害因素的预防控制，重点加强疾病预防的技术决策、信息综合、防治实施、应用研究和预防服务等功能。按预防医学专业设置传染病防治部、慢性病防治部、环境职业卫生部以及下属的25个专业科室。
近年来，为了强化政府职能，突出政府卫生防病职能的核心任务，体现专业学科基础与行政管理实施的融合，上海市疾病预防控制中心先后设置了公共卫生应急处置办公室、传染病防治管理办公室、疾病社区综合防治办公室、健康促进管理办公室和信息管理办公室等5个综合业务管理部门，建立起上接政府、中联专业科室、下达社区的高效业务管理机制，增强社会管理功能和疾病预防控制综合能力。
