福建省疾病预防控制中心成立于2003年7月，由福建省卫生防疫站、福建省结核病防治所、福建省健康教育所和福建省皮肤病防治院中性病麻风病社会防治科室合并组建而成福建省疾病预防控制中心，同时增挂福建省健康教育促进中心和福建省卫生检验中心两面牌子。2005年4月被确定为副厅级单位。总部位于福州市鼓楼区津泰路76号，占地面积约3.2万平方米。
中心的主要职责是：拟定规范的疾病预防控制方案和技术决策；执行疾病防治计划，组织落实疾病防治措施，培训疾病防治队伍，评价疾病防治效果；对重大突发公共卫生事件实施应急处置；开展各种卫生技术服务和预防医学科学研究。是全省公共卫生、疾病控制、健康教育、卫生检测、防治科研中心和技术指导中心。
中心现有职工400 人，其中专业卫生技术人员335人，含高级职称专业人员有84人；博士、硕士共27人；3人入选卫生部有突出贡献中青年专家，享受国务院津贴专家17人。5位高级专业技术人员担任卫生部各疾病专家咨询委员会委员，21人入选福建省“百千万人才工程”的学科带头人和省卫生系统跨世纪学术和技术带头人。
中心共设33个科室：其中职能科室8个，业务科室25个。为发挥专业优势，中心开设预防接种和结核病治疗两个门诊部。
中心设有卫生部定点的艾滋病确认中心实验室、保健食品功能学评价实验室、脊髓灰质炎监测实验室、化妆品卫生安全性检测实验室和农业部认定的卫生杀虫剂毒理学试验实验室，是商务部2004年首批确定的食品安全定点检测机构，有省科技厅批准的省重点公共实验室中心啮齿类动物实验室、实验动物质量检测室。是福建医科大学的教学基地，博士、硕士研究生教学点，是福建省公共卫生执业医师考试基地。
由于国家对公共卫生日益重视，中心实验室能力建设得到不断加强，新建了卫生检测大楼，改造装修了旧实验大楼，现在中心实验室面积达到了1万平方米。中心于1996年正式通过计量认证。2005年11月，正式通过中国实验室国家认可委的资格认证。2006年，又在全国省级疾控机构率先通过卫生部和国家认可委对BSL-3实验室的认证。
近年来我中心更新、增添了许多实验室精密检测设备，现仅万元以上的设备就有280台件，总值2800万元。装备了气相-质谱联用仪、液相-质谱联用仪、全自动细菌鉴定系统、戴安ICS-2000离子色谱仪 、120万倍透射电镜、80万倍扫描电镜、每分钟 8.5万转超速离心机、高级应急检验车等仪器设施。现已掌握 40类592 项检测技术，基本达到卫生部、国家发改委规定的省级疾控机构检测能力要求。
中心编辑发行《中国人兽共患病学报》、《海峡预防医学杂志》和《福建卫生报》。《中国人兽共患病学报》获第二届国家期刊奖百种重点科技期刊。《海峡预防医学杂志》获中华预防医学会优秀期刊奖。《福建卫生报》多次获得全国卫生优秀报刊称号。
福建省先后消灭了鼠疫、天花、脊髓灰质炎和血吸虫病，在突发公共卫生事件应急处置、计划免疫、重点传染病、地方病防治、健康教育促进工作方面卓有成效。近年来，果断处置了在福建发生的人禽流感事件，得到人民群众的热情赞扬和各级领导的首肯。
中心大力开展预防医学领域科学研究和学术交流。286项次科研成果先后多次获得国家科技进步二等奖、卫生部科技进步二等奖等各类奖项。每年平均发表学术论文 150 多篇，中心专家主编出版了《中国人兽共患病学》、《中国弓形虫病》、《新发现的传染病》、《再度肆虐人类的传染病》等论著。中心已与 WHO、UNDP、UNICEF、世界银行、美国CDC、日本长崎大学等机构建立了学术交流关系。
中心以邓小平理论指引着全体职工闯滩历险，不断实践着“三个代表”重要思想和科学发展观。“一切为了人民健康”已深深地扎根在省疾控人的心中。全体职工意气风发、斗志昂扬，团结一心，敢拼敢战；救灾防病，义务献血，扶贫助学，他们无私奉献，踊跃捐赠，仁义之举深得社会各界广泛赞誉，赢得了众多荣誉。2004 年人事部、卫生部、国家中医药管理局授予中心“全国卫生系统先进集体”称号，并先后获得中央组织部“全国抗击非典先进基层党组织”、省委省政府授予的“全省防抗台风抗洪抢险救灾先进单位”荣誉称号和省总工会授予的“模范职工之家”称号。 中心流行病第一党支部还被中组部授予“全国先进基层党组织”称号。
