上海市宝山区疾病预防控制中心的前身是1951年建立的原上海市江湾、大场、吴淞、新市四个区卫生防疫站（1956年合并为上海市北郊区卫生防疫站和血吸虫病防治站）及1956建立的原江苏省宝山县血吸虫病防治站。1958年原江苏省宝山县划归上海市管辖，建立宝山血吸虫病防治站，后并入上海市北效区，组建了上海市宝山县卫生防疫站。1979年由于宝山钢铁总厂建设需要，新建了吴淞区，并另建吴淞区卫生防疫站。1988年7月年经国务院批准，原宝山县和吴淞区“撤二建一”为宝山区，1989年3月二站合并更名为宝山区卫生防疫站。1999年4月经卫生体制改革把原宝山区卫生防疫站卫生监督职能分离出去后建立了宝山区疾病预防控制中心，综观本区卫生防病机构的历史变迁是在历届政府重视下，随着社会进步和卫生事业发展而成长起来 。宝山区疾病预防控制中心现有编制人员（含初保办）160人，其中卫技人员122人，高级技术职称8人，中级技术职称32人，主要工作任务是承担传染病和慢性非传染病的预防控制工作和突发公共卫生事件应急处置等，是全区疾病预防控制、卫生监测检验、公共卫生服务科研培训、质量控制、健康教育的技术指导中心。在区政府、区卫生局领导重视下，信息化建设不断加强，先后建成了协同办公系统、中心网站，启动了网络报表传递系统和远程（移动）办公系统，开发应用健康质检管理系统并成功应用流媒体视频技术开展业务教学服务等，达到了信息资源共享，大大提高了工作效率。2007年5月28日宝山区疾病预防控制中心正式迁入区公共卫生中心新大楼内。区公共卫生中心基建投入1.3亿，建筑面积17026平方米，疾控中心在主楼的1－2层和3－8层，1－3层为行政和业务用房，建筑面积3214平方米，东4－8层市检验用房，建筑面积3628平方米。中心加大技术能力装备的建设力度，添置了进口气相色谱仪和全自动药敏计数仪等高精密仪器，同时完成了中心实验室国家认可评审，使宝山区的疾病预防控制能力和水平得到了全面提高 。
宝山区疾病预防控制中心始终坚持“求真务实、开拓创新、科学严谨、高校有序”的创建理念，艰苦创业，不断加强自身建设，提高科学管理水平和业务技术，两个文明建设取得显著成就，曾荣获卫生部“全国卫生先进集体”、“全国计划免疫先进单位”和国家档案局“科技事业单位国家二级档案管理”，以及“上海市优秀基层党组织标兵单位”、“上海市百佳爱心助老特色基地”、“上海市卫生系统抗击非典先进集体”等多项市级以上的荣誉称号，并屡获“卫生系统五好班子”、“基层领导考核先进单位”和“区级文明单位”等区级集体荣誉称号，另外在全市业务工作年终考核中已连续12年成绩“优秀”。中心实验室连续多年经市技术监督局的计量认证考评合格，2005年又通过中国实验室国家认可评审。
区疾控中心坚持科学发展观，以科学进步为动力，重视科学研究、素质教育与人才培养。目前，单位正在参与或主持的国家或市、区级科研课题10多项，历年来已获区级科技进步获五项。其中《宝山区推广甲肝疫苗接种控制病毒肝炎的研究与效果评价》获宝山科技进步一等奖。区政府成立以来，确定传染病和慢性非传染病的重点项目，加快了卫生技术队伍人才和能力建设，大力引进、选拔、培养高学历人才，提高了业务人员的自主创新能力，在国家、市级专业杂志上撰写发表的论文超过百篇。宝山区疾控中心已被聘为“同济大学医学院预防医学实习基地”和“遵义医学院管理学教学基地”。
