丽水市疾病预防控制中心是于2001年8月20日在原丽水市卫生防疫站基础上组建而成的，是政府举办的实施疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益事业单位，是全市疾病预防控制、卫生检验检测、健康教育、科研培训等业务技术的指导中心、科技研究中心、信息管理中心、人才培训中心。2004年10月，为加快城市公共卫生突发事件应急机制，完善疾病预防控制体制，丽水市编委发文，把丽水市疾控中心机构升格为副县（处）级事业单位。2007年10月2日，正式迁入位于寿尔福路28号新址办公。
丽水市疾病预防控制中心现有职工84人，其中高级职称9人，中级职称28人。中心下设11个科室，即：办公室、总务财务科、传染病预防与控制科、突发公共卫生事件应急处置科、重点传染病预防与控制科、健康危害因素监测与控制科、地方病与慢性非传染性疾病控制科、健康教育科、检验科、消杀与病媒生物监测科、莲都区分中心。o:p>
中心拥有原子吸收分光光度计、气相色谱、PRC测定仪、生物安全柜、酶标仪等仪器设备；建有艾滋病确证实验室、国家P2级实验室、理化实验室和其它微生物实验室，并于2000年通过计量认证。
丽水市疾病预防控制中心其主要职责有：
１、对影响人群生存环境卫生质量及生命质量的危险因素进行食品、职业、环境、放射、学校卫生等卫生监测；对传染病、地方病、寄生虫病、慢性非传染性疾病、职业病、公害病、学生常见病及意外伤害、中毒等发生、分布和发展的规律流行病学监测，并制定预防控制对策。
２、为拟订与疾病预防控制和公共卫生相关的法律、法规、规章、政策、标准、规划等提供科学依据，为卫生行政部门提供决策咨询。
３、拟订并实施疾病预防控制工作方案，对方案实施进行质量和效果评估。
４、对传染病的发生流行和中毒、污染事件进行调查处理，为救灾防病和解决重大公共卫生问题提供技术支持。
５、实施预防接种，负责预防用生物制品的使用与管理。
６、负责人员培训，指导技术规范和技术措施的实施；承担爱国卫生运动中与疾病预防控制有关的技术指导。
７、开展健康教育与健康促进，参与社区卫生服务工作，促进社会健康环境的建立和人群健康行为的形成。
８、承担疾病预防控制及有关公共卫生信息的报告、管理和预测、预报，为疾病预防控制决策提供科学依据。
９、开展卫生防病检验和实验室质量控制；受卫生行政部门认定，承担卫生监督监测检验、预防性健康检查、健康相关产品的技术审核和卫生质量检验、鉴定；对新建、改建建设项目的选址、设计和竣工验收进行卫生学评价。
１０、进行应用性科学研究，开发和推广先进技术。
１１、开展对外交流与合作，引进和推广新技术、新方法。
１２、向社会提供相关的预防保健信息、健康咨询和预防医学诊疗等专业技术服务。
１３、完成卫生行政部门交付的其它任务。
中心的宗旨是贯彻预防为主方针，"团结、务实、开拓、奋进"，为全市人民健康服务，为全市社会发展和经济建设服务。
