上饶市疾病预防控制中心的前身是原上饶市卫生防疫站，创建于是1952年2月，名为江西省第五防疫大队，后改为上饶地区卫生防疫站，1999年撤地设市后改为上饶市卫生防疫站。2004年11月，现防疫体制改革为上饶市疾病预防控制中心。
中心隶属于上饶市卫生局，目前有正式职工97人（77人），83位卫生专业技术人员中：高级职称6人，中级职称57人；35岁以下者占21%，45岁以上者占42%；大专以上学历者占44%。内设办公室、财务科、业务信息管理科、传染病防治科、结核病防治科、慢性病地方病防治科、艾滋病防治科、免疫规划科、公共卫生科、健康体检科、检验科、预防医学（结核病防治、免疫接种）门诊部等12个科室。现有工作用房2800余平方米，其中检验用房700平方米，冷藏车、卫生应急处理车、气相色谱仪、原子吸收分光光度计、荧光显微镜、多功能超高倍显微镜、生物安全柜、半自动微生物鉴定仪、厌氧培养箱、二氧化碳培养箱、全自动荧光酶标仪、PCR扩增仪、超低温冰箱、低温冷库、备份服务器、手提电脑、电脑喷绘机、多媒体投影仪、体外测温仪、本田机动消毒车等实验、信息、健教、防控、冷链、交通等大型贵重设备220余台，固定资产 1123 万元。2005年12月经江西省技术监督局对我中心计量检定，能力测试和可靠性进行全面考核。考核合格并获计量认证合格证。
上饶市疾病预防控制中心是全市疾病预防控制和卫生监督检验检测的指导中心，业务技术受江西省疾病预防控制中心和江西省卫生监督所指导，主要负责组织实施疾病控制和预防计划；负责疟疾和媒介生物的调研、监测、预报；组织对重大疫情，传染病暴发流行的调查，制定控制对策和措施；负责疾病预防控制信息的收集整理、综合评价、反馈及疫情报告；实施计划免疫接种和规划；开展疾病防治工作；开展相关技术和科研、咨询和公众健康促进、疾病预防指导。负责卫生行政部门、卫生监督机构委托的专项抽检、产品检验和卫生学评价；负责从业人员健康检查和卫生知识培训，负责突发公共卫生事件、违法案件的现场卫生学调查和采样。
上饶市疾控中心2003年7月列为国债资金建设项目，属我市重点工程之一，座落于信州区民主新区凤凰大道南侧府西路西侧路口，占地15.82亩，建筑面积5875平方米，工程总投资666万元。
经过国债项目、日元贷款项目以及省专项资金的大量投入，目前上饶市疾控中心已经建设成为上饶市辖区内疾病预防控制业务指导中心、专业技能培训中心、疾病信息管理中心、疾病控制卫生质量检测检验中心，具备应对重大传染性疾病综合防控、各类中毒及生物化学恐怖等突发公共卫生事件的快速反应和基本处置能力。全面提升了我市疾病预防控制工作平台，提高了对重大传染性疾病和突发公共卫生事件的处理能力，为保障人民群众的健康安全奠定了坚实的基础。
