乌鲁木齐市疾病预防控制中心是在原乌鲁木齐市卫生防疫站基础上实质性整合相关的预防控制机构（包括市结核病防治所、市地方病办公室、市健康教育所）组成的。其前身乌鲁木齐市卫生防疫站成立于一九五二年。截至目前中心在职职工147人。2004年５月８日，根据上级精神，原乌鲁木齐市卫生防疫站、市地方病办公室、市结防所、市健康教育所合并为乌鲁木齐市疾病预防控制中心（Urumqi Municipal Center for Disease Control and Prevention，UCDC），单位性质属全额拨款事业单位。
中心分为15个部门，即：办公室、计划财务科、传染病防治科、免疫规划科、公共卫生科、检验科、艾滋病性病防治科、职业病防治科、结核病防治科、地方病防治科、慢性非传染性疾病防治科、病媒生物防治科、体检科、综合门诊、信息服务与健康教育科。
目前，乌鲁木齐市疾病预防控制中心已成为乌鲁木齐地区疾病预防控制、卫生检验检测、预防医学科学研究、卫生技术培训、公共卫生应急体系的技术指导中心，是新疆医科大学教学培训基地。