舟山市疾病预防控制中心是在原舟山市卫生防疫站基础上组建的直属于市卫生局的卫生事业单位，是全市疾病预防控制、卫生检验检测、健康教育、科研培训、卫生信息管理等业各技术的指导中心，又是水产养殖病害防治与检测检测中心。现有2个职能科室、5个业务科室和2个下属机构，核定编制62名。现有职工62名，其中专业技术人员49名，高、中级技术职称分别占业务人员的12.24%、51.02%，入选市“111人才工程”专业技术人员1名。拥有高效液相色谱仪、离子色谱仪、气相色谱仪、原子吸收仪等一批大型高精仪器设备，开展的269项检测项目均经国家计量认证；与浙江大学医学院合作成立了省内首个“流行病学与卫生统计学”科研基地；同时和中国医学科学院、台湾海洋大学开展了有关海洋环境与生态资源关系方面的多项课题研究。
该中心将充分利用现有人才、技术和设备优势，大力引进各类人才，全面加强与国内外有关科研机构、大专院校的合作，广泛开展疾病预防控制和公共卫生领域的科学技术研究；承接社会委托的预防保健、公共卫生、水产养殖等方面卫生监测服务、技术咨询；为社会提供各类产品的卫生监测、评价、出证；参与社区卫生服务，开展预防保健门诊。
中心宗旨：贯彻预防为主方针，“和谐、奋进、务实、创新”，为全市人民健康服务，为该市社会发展和经济建设服务。