该遗址仰韶文化堆积很少，主要分布在遗址西北部；商代晚期遗存在遗址各处可见，但堆积较丰富的是在遗址东部和遗址南部。西周、东周、汉代、唐代等时期的遗存较少，多以灰坑、墓葬等遗迹形式存在。发掘区北部，有较多汉代长条形坑，坑内填土纯净，出土物较少，用途不详；发掘区南部，发现2座保存完整的汉代窑。
发掘的区域集中在遗址东部商代文化堆积最为丰富的地方，发掘的文化遗存以商代晚期者为主，遍布整个发掘区。2007年发掘的各类文化遗迹的形状、结构基本同于2006年的发掘，但也有少量的区别。2007年主要的工作是基本搞清了商代遗址的分布范围及商代聚落内部的布局。
从目前的发掘看，居址集中分布在发掘区西部，居址中及其周围分布有水井。制陶作坊和居址没有明显的分界，在发掘区的西北、北部、中部、东南部和东部，都有陶窑分布，但房址较集中的区域内，陶窑分布亦相对集中。不同区域的陶窑方向、窑箅孔形状有所区别。陶窑周围有类似水窖的遗存，该类遗存开口平面多较大，为椭圆形，上部为直壁，到下部四周极度外张，底部填土中有大量水渍和细泥。这类遗存与陶窑烧造有关。发掘区南部，祭祀遗存集中分布。该区域内，分布有大面积的灰土堆积，灰土成片分布，但片与片之间互相叠压却没有明确的分界，内含大量草木灰和炭屑。灰土堆积之下有较多的祭祀坑。祭祀坑为圆形或椭圆形，坑内填土多较纯净，有整牛骨架，个别的为猪骨架，也有人骨架。除兽坑、人坑外，还有部分灰坑，坑内填灰土，但坑内出土物比较特殊，如H500出土完整的龟甲1块及带有凿痕和灼痕的牛肩胛骨2块，其周围有多座小型的灰坑相围绕或打破，似为该区域内的一个中心。这类坑亦应和祭祀有关。从地势看，该区域为商代聚落内地势较高的区域。大面积的灰土堆积，应该是燎祭的遗存，多座兽坑，应为祭祀的瘗埋。
遗址东北部，为商代墓葬集中分布的区域。墓葬区内，不见商代文化层，少见其他商代遗迹，墓葬排列比较整齐。从整个发掘区域看，发掘区的西部尤其是西南部，亦有相对集中分布的墓葬，这批墓葬分布在房址南部、祭祀区的西部和祭祀区域内，皆为南北向或近南北向的小型长方形或圆角长方形土坑竖穴墓，其间，有规模较大和棺椁齐备的M3。这批墓鲜见打破现象。从分布来看，有数个祭祀坑围绕M3分布。遗址东北部的墓葬，有南北向和东西向。无论南北向或东西向墓葬，多成排分布。南北向墓葬多分布在墓地南部和北部，东西向墓葬多分布在墓地的中北部。偶见南北向墓葬打破东西向墓葬的现象。多数墓葬形状、结构、填土等和发掘区内其他地方发现的墓葬相同，只是经单棍乱夯的填土更为坚实，且发现少量墓葬随葬有单件陶器，或鬲、或豆、或钵。就南北向的墓葬而言，东部的多东北—西南向，西部的多西北—东南向，头向多朝南，少量朝北。东西向墓葬头向或西、或东。经初步鉴定，墓地内人骨女性多于男性，多为三四十岁，少量50岁以上及20岁以下者。偶见男女同穴合葬的现象。M230在墓地东北角，东西向，填土经夯打，无二层台和腰坑，无棺椁及随葬品。墓底南北并置人骨2具，北者男性，头向西，南者女性，头向东，二者皆仰身直肢，年龄相近，应为夫妻合葬。这批墓葬内的人骨架的脚骨及膝关节处多见有长期跪坐留下的磨损痕迹，和商代晚期其他遗址如安阳孝民屯等地的商代晚期人骨架相似。墓葬区内，有少量人骨特征区别于商代晚期其他者，似为外来人群。
居址和墓葬之间，有一条沟相隔。整体看，该沟大体为条状环形，其东南部起自遗址东部的冲沟西剖面上（冲沟东部对应的剖面上不见），向北略呈东南—西北向延伸，沿墓地西部至墓地西北部折向西行，在遗址北部和发掘区北部中段折向南行约3米，然后又折向西行。在这里，沟口变宽，西行约20余米后又变窄，至发掘区西北部，沟缓折向西南遇到现代取土被破坏。发掘区的西南角，有南北向的小沟向南延伸至南部断崖前向东，该沟从走向、形状、结构、填土等看，应和前述沟为一体。因晚期破坏，沟现存开口平面宽度不一，部分地段宽1米，个别地段宽0.2米，斜壁，底部很窄，沟最深1.3米；在前述沟变宽处，沟宽近4米，斜向下约0.15米后突收至和其他处宽窄相似。沟底不平。沟内填土基本一致，多为红褐色黏土，土质较纯净，结构较紧密；部分地段黏土中有灰褐或黄褐色夹层，沟底部填土为黄褐色，部分地段的沟底填土中杂有较薄的黄灰色冲积土层。现发掘沟的复原长度约为460米。
发掘的大部分商代晚期文化遗存多在围沟之内。围沟宽度、深度都不大，不具备防御功能。结合墓葬集中分布在围沟环绕的区域之外看，围沟可能是区分某种活动区域的界沟。发掘区的西北部既是房址集中分布的区域，又是陶窑集中分布的区域，但少见房址和陶窑打破的现象。发掘区南部，为较大型的祭祀场，这里的祭祀遗存似有祭祀的中心点；各种坑和附近墓葬的分布，似亦有一定的规律。围沟外围东北部商代晚期遗迹较少，似专门规划用作墓葬区的。
商代晚期文化遗存，在层位上存在多组早晚叠压或打破关系。从陶器形制、尤其是鬲足的高低看，大致分3个阶段，分别相当于殷墟一期至三期，而以殷墟二期为主。但从陶鬲和簋的整体特征看，关帝庙遗址所出者和郑州人民公园、安阳殷墟所出者有所区别而显示出自身的特点。这些特点是人群的不同还是地域性差别，亦需进一步确定。
荥阳关帝庙遗址是黄河南岸地区首次完整揭露的商代晚期小型聚落遗址。发掘所见商代晚期居址、墓葬区、手工业作坊址、祭祀区布局清晰，表明了聚落内部区域之间功能的差异。从陶窑和房址分布特点看，该聚落似是一个以作坊性质为主的聚落；但房址皆小型单间、内各具灶或火塘，又似是以一个个小型家体为生活单元的。该聚落主体外有围沟，兼具居住区、祭祀区、墓葬区及多座零散分布的陶窑作坊，功能完备。这对于研究商代晚期聚落的功能分区、布局及当时人们的生活状况、宗教习俗、村社组织及管理、房屋建筑结构、陶窑结构及陶器烧造过程、手工业的分工及形式、墓葬制度等都具有重要的意义。（李素婷 李一丕 丁新功 王明辉）
