西门国小创校于民国二年四月，当时称之为安平寻常小学校，校址设於安平古堡的前面（即位于现在的安平开台天后宫），後来改名为安平寻常高等小学校（专门供日本子弟就读学校）。民国三十四年四月改名为台南市安平国民学校，民国三十五年二月改名为台南市第二国民学校，民国三十六年二月改名为台南市安平区西门国民学校，民国五十七年八月政府全面实施九年国民义务教育，将本校正名为台南市安平区西门国民小学，一直沿用至今。
学校草创迄今已超过九十四个寒暑，可算是历史攸久的学校。因时过境迁，加上安平区多次洪水，盐水溪决堤，校舍受创严重，旧建筑不复存在，目前尚留有朝北方向旧校门遗址及几棵老榕树，也因为有了它们的庇佑，加上历任校长的精心经营，教师们谆谆教诲，教育出历届校友，并服务於各阶层，皆能兢兢业业地克尽职责，为家庭、乡土、社会、国家尽己之力。
近二十年来我国经济繁荣，社会进步，政府更投入大量经费改善学校环境，在执行发展与改进五年计画及第二期计画（国民教育整建计画、教育优先区计画、开放教育、小班教学精神、课程统整、九年一贯创新教学），改善教学设施之後学校焕然一新，校舍巍伟优美，教学设备十分完善，所以今日西门是一所麻雀虽小，五脏俱全的精致小学。
学校概况
一、渔光分校於民国六十九年九月改隶本校，瑞复益智中心於民国七十七年二月受理委办本校特教班。
二、教职员数：校长一人，教师三十八人，职员四人，工友二人，约雇二人，司机四人，警卫二人。
三、年级班数：普通班，一年级三班，二年级二班，三年级二班，四年级三班，五年级三班，六年级三
班，合计十五班；特殊教育三班。
四、本校校地面积：九五五五．四一平方公尺。分校校地面积：三二六七七平方公尺
