1762年，设置伊犁将军，明瑞担任第一任伊犁将军，将军府设在伊犁河北岸的惠远城（今霍城县境内）。伊犁将军的主要职责是：统辖天山南北各地驻防官兵，兼管全疆行政事务，并统辖归附清朝的中亚地区及哈萨克各部。伊犁将军是天山南北最高的军事行政长官，由满族亲贵或蒙古重臣出任。伊犁将军的设置，使中国的北部防线最后形成横贯东西的完整体系。