菱湖中学的前身为青树中小学，系民族资本家章荣初先生于1933年出资创建，校址在菱湖南栅仓场弄，占地20亩，设施先进完备，名师任教，当时的国民党政府中央委员会和社会名人纷纷祝贺题词。学校董事会由时任上海市教育局长的菱湖人潘公展任董事长，学校不收学杂费，免费供应校服，还向贫困学生提供奖学金，小学毕业后到上海章荣初开设的工厂工作。
1937年11月日本侵略湖州，学校停办。
抗战胜利后，章荣初成立菱湖建设协会，将恢复青树学校作为建设新菱湖的首要工作。1947年12月19日，菱湖青树学校建成，成为当时全省“一流的校园，一流的环境，一流的设施，一流的师资，一流的管理，培养一流人才”的新型中小学。
1949年2月，全校初中、小学学生600余人，教学方法采用陶行知的教学模式。
1953年1月5日，吴兴县人民政府接管，青树小学改名吴兴县初级中学，县长田一民兼任校长；青树中学改名菱湖镇中心小学。1956年，学校始办高中，易名为吴兴中学。1959年首届高中毕业生参加全国统一高考，总成绩位列全省第二，数学、外语单科成绩全省第一，学校先后被评为区、省的先进单位，并被确定为省重点中学，浙大附中。
“文化大革命”期间，学校教学教育工作瘫痪。1984年恢复省重点中学；1983年，1986年荣获“全国群众体育工作先进单位”，“全国推行《国家体育锻炼标准施行办法》先进单位”称号，多次评为省市群体工作和“达标”先进单位。同时确立了“团结、奋斗、求实、创新”的校风。首批教师专业技术职务评审，有18位教师被认定中高级教师，占全校专任教师的20.45%；一级教师37人，初级教师33人，1998年6月30日，省教委批准学校为省二级重点中学。
1998年，学校实施场地搬迁，2000年12月20日举行新校址落成典礼。现占地170余亩，校舍面积30000平方米，投资5000万元，绿化面积40000平方米，形成了合理的教学区、生活区和运动区，先进的电脑、电化、理化生实验楼和图书馆大楼，为素质教育奠定了良好基础。同时，教师人手一部电脑、电话，为教育改革、信息管理开创良好开端。2002年4月22日，省教育厅下文批准学校为省一级重点普通中学。
