为了加强省院省校合作，促进西部地区经济社会进一步发展，1998年南开大学与云南省签署了《云南省与南开大学全面合作备忘录》。几年来，在备忘录的框架下，双方开展了多种项目合作，并取得了显著的效果。
为了建立南开大学与云南省的长期稳定的合作关系，南开大学2001年就在云南省设立机构向云南省人民政府提出申请。2002年经云南省人民政府批准南开在昆明设立“南开大学云南研究院”，并在云南省事业单位登记办公室注册。2003年12月22日,南开大学侯自新校长与云南省吴晓青副省长在昆主持了南开大学云南研究院的揭牌仪式,南开大学云南研究院成为南开大学驻云南省的常设机构。研究院领导为：院长陈永川（南开大学副校长）、副院长钟元俊（常务）、副院长王迎军。
南开大学云南研究院的宗旨是：成为南开大学与云南省及西部地区的桥梁，将南开大学的智力资源服务于西部地区经济与社会发展，积极参与西部地区经济与社会发展建设。研究院已同云南、四川、贵州、广西、重庆等省、市、自治区的有关部门建立了广泛的科研和教育合作关系。在自然科学方面，在生物能源、酶混合发酵提取薯芋皂甙元工艺、银杏叶资源提取、天然香料、农药、光学仪器、微生物等领域完成了十多项课题。我院发挥南开大学社会科学领域的强大优势参加了由国家科技部、挪威FAFO社会科学研究所主持的“中国西部省份社会与经济发展监测研究”、“云南省湄公河流域开发战略”、“云南省现代物流政策研究”等一系列课题。该院目前已完成社会科学研究项目10多项。此外，我院还承担了云南省省校合作人才培训计划，完成了“云南白药集团高层管理人员”、“云南冶金集团中层干部”、 “云南省投资开发有限公司”、“云南省农垦集团有限公司”、“中国民航云南省管理局”、云南省环保局“循环经济与环境友好型企业”培训班等培训项目。
在高层次人才培养方面，我院针对云南、四川、贵州等地开设了“国际经济与贸易”专业和“医院管理”专业硕士研究生学位培养项目。“企业管理”专业、“金融（保险）”专业、“法学”专业、“公共管理”专业研究生课程班培训。高质量培养西部急需的高层次人才。
南开大学云南研究院目前设有研究部、培训部、项目部、电脑室、办公室等机构。展望未来，我们将秉承“允公允能、日新月异”的校训。发扬西南联大的光荣传统，为西部地区社会经济发展做出不懈的努力。