（一）光绪后期京师直隶大疫
光绪二十一年(1895年)，京师地区春荒严重，遍野荒地，耕收望绝。入夏以后，大雨成灾，而且时有冰雹袭击。五月初六日，御史李念兹上奏说，四月初旬以后，京师周围地区普降大雨，田地淹没，麦苗黄萎，早稻秧苗被雨水浸伤，而赈抚之事政府一直不作计划打算，寂寂无闻。他对光绪说，现在“京外灾黎扶老负幼，来京田食，其鹄面鸠形，贸贸溃乱之状，实屑目不忍睹”。恶劣的生存条件，导致饥民中“疫疠流行”。七月二十九日，监察御史熙麟上折，因疾疫而死的灾民达三千余人，“其内城归步军衙门、顺天府经理者，尚不在此数”。
光绪二十六年(1900年)春夏秋三季，直隶南部地区发生互有关联的严重旱灾。袁世凯在向光绪的奏折中说：“畿辅荒早，赤地千里，民不聊生。”恶劣的天气为病菌的孽生创造了有利的生存环境，疫病广为流传。自四月以后，京师内外疫疾流行，范围既广，危害又深，流行病中最主要的是时人认为喉症和瘟疫二种。这次喉症和瘟疫的流行，在京师造成大量人口死亡，据《庚子纪事记》载：“居民死者枕藉。”天津的情况大致与京师差不多，春夏之季无雨亢旱，引起“瘟气流行”。十月，获鹿县出现大瘟疫，入侵中国的八国联军在烧杀抢掠过程中也染上此病，一个月内前后死了三四十人。十一月，侵略军首领阿贝及一位中国籍的通使得病，不久就不治身亡。
光绪二十八年(1902年)六月，京津地区再次大范围的爆发疫病。这次疫病主要以霍乱为主。由于霍乱发病潜伏期较短，传染性较强，发病突然，所以病人发病前并无什么症状，突然起病后，短者一二个小时、半天左右就不治病死，长者也仅一二天身亡。数日内，京师霍乱因转相传染，形成了发病高峰，每天死人不计其数，一时间人心慌慌。天津疫病的出现似较京师要早。五月以后，霍乱已经流传开来，因缺乏有效的预防和医治措施，不满一月，染病死亡的百姓超过一万余人。在天津的杨柳青村，每天少则死去十余人，多时死亡二三十人。直隶总督袁世凯在六月初十日给徐世昌的信函中说：“近日疫症大作，伤人甚多。”直隶府署中上自袁世凯的幕僚，下自一般夫役，没多少时间也死去了十余人。而军营内得病的更多，前后官兵马弁死亡达七八十人，使袁世凯惶惶不知所措。这一次京师直隶地区的疫病流行，与前几次的疫病不同，前二次疫病都与恶劣的自然环境相关，而这次霍乱流行前，京师地区气候正常，并无连续的干旱或水灾，这次霍乱的出现呈突然性，危害大，传染快的特点。
光绪二十八、二十九年苏南、杭州疫疾
光绪二十八年(1902年)初春，因一冬春未见雨雪，天气干燥，尘土飞扬，苏南很多地区发生呼吸道传染病。患病重者，在卧床一段时间后，因无法医治，也会命归黄泉。孙宝碹《忘山庐日记》说：“去冬少雪，一时多患喉者，死人无数。”光绪的老师翁同瓤在其日记中，记述了在常熟城内外疫病到处有流传的事实，他说：“闻城外痧证未净，乞药者多。”六月，“城中时疫盛行，乞药者踵相接。”至六月，常熟城内痧症不但未见减弱，反而更加剧烈的流传，药铺生意红红火火，配药求医者天天接踵而至。
光绪二十九年(1903年)七月，有一种疫病流传进了杭州城由于这种疫病感染性较强，所以杭州城内几乎人人都染上此病。据孙宝碹《忘山庐日记》记载，这次疫病患者的主要症状大都呈发热、头昏目眩，发热过后，病人四肢出现红斑。 “然死人甚少。”
（二）1902年黑龙江瑷珲霍乱流行
光绪二十八年(1902年)五月初一日，平静的瑷珲县城内突然掀起波澜，因为在城内出现了第一例霍乱病。患病者都出现剧烈的腹泻与呕吐，眼眶下陷，两颊深凹，神志淡漠不清。由于严重泻吐而引起的体内盐类大量丧失，使碱储备下降，出现肌肉痛性痉挛，因而当时史料记载此病为“霍乱转筋”。从这一天起，瑷珲城内一片恐慌，因为霍乱传染性很强，没几天在城内迅速蔓延开来。当时传染上霍乱的病人都是呈“缩筋构挛”的病症，在一再的腹泻和呕吐后，肌肉出现剧烈的痉挛。病人死亡率极高。官府迅即派军队封锁城门，使城内外居民隔断联系，同时进行医疗消毒防治工作。据驻守在城门的士兵清点，发病期间，每日抬到城外荒野掩埋的病者尸体不下七八百具。这种现象持续了半月之久，前后死了数千人。当霍乱流传时，城内市面萧条，无任何商业可言，街面上几乎没有人行走，老百姓吓得纷纷躲在自己的家里不敢出来，生怕不知什么时候染上病菌。这次霍乱，来得突然，去得也快，为害极大。
清末安东霍乱
今天的丹东，位于中国辽宁省东南部，隔国境界河鸭绿江与朝鲜新义州市相望。丹东原名“安东”。
据史料记载。早在光绪十六年(1890年)夏，安东地区就有疫病发生，其流行迅速，来势猖獗，仅死者就有千余人。光绪二十一年六月，疫病再次大流行，以安东之大东沟、沙河镇两处最烈，死者不计其数，且多系工人。流行最激烈时，整日掩埋死人不断。有的送葬抬棺人，未行至墓地而中途即发病身死，令人震惊。光绪二十七年(1901年)七月，安东地区疫情变本加厉，患者以劳动者为多。沙河镇区，每日死者达30至60人。病死者难计其数。上述几次疫情，未留下霍乱致病的原始记载，但从其发生时间、流行季节、传播特点、病死状况以及以后连续年间的流行程度等情况分析，专家们基本上均认可系霍乱所致疫情。
1907年夏，在中国出现霍乱大流行。安东地区及大连、旅顺、辽阳等地均都波及，尤以大连、旅顺出现的患者为多，此病于八月下旬首发于大连，终止于十一月上旬。
次年六月，安东的霍乱流行最为剧烈，木排工人死者无算。由于装着尸体的棺材已无亲友故旧安葬，均送集珍珠泡地带。路旁地内积棺遍野，尸骸暴露，惨不忍睹。
（三）东北鼠疫大流行
清末，1910年10月，中国东北发生鼠疫。首先在海拉尔出现，渐次向齐齐哈尔、哈尔滨等处蔓延，仅哈尔滨(人口不足2万)一带即死亡5272人。1911年1至2月间蔓延到吉林省敦化、额木、延吉一带，仅延吉县境内死亡者就达323名之多。疫病越过吉林，很快传播至辽宁省，席卷了该省数十州县。患病较重者，往往全家毙命，当时采取的办法是将其房屋估价焚烧，去执行任务的员役兵警也死亡相继，数月间就死亡了六七千人。据东三省督抚锡良奏陈疫情电文所述，此次鼠疫蔓延所及达66处，死亡人口四万余人。另据资料说，这次东北鼠疫大流行死亡总人数约为6万人。
曹廷杰《防疫刍言及例言序》中记：“宣统二年，岁次庚戌九月下旬，黑龙江省西北满州里地方发现疫症，病毙人口。旋由铁道线及哈尔滨、长春、奉天等处，侵入直隶、山东各界，旁及江省之呼兰、海伦、绥化，吉省之新城、农安、双城、宾州、阿城、长春、五常、榆树、磐石、吉林各府厅州县。报章所登东三省疫毙人数，自去岁九月至今年二月底止，约计报知及隐匿者已达五六万口之谱。”
鼠疫出现后，清政府下令各处严防，毋令传染关内。数月间在东北三省内鼠疫蔓延得到了控制。
东北鼠疫大流行期间，其流行区域并非局限在关外，曾有逐渐向关内各地蔓延之势。涉及直隶、热河、山东、河南、安徽、湖北、湖南之地。京师地区于宣统二年(1910年)12月开始发现鼠疫。在外城三星客栈有奉天来京旅客王桂林及由天津来京学生于文蔚染疫，陆续传疫京师各地。清政府曾于山海关设立检验所，各海口也同时进行检疫，以图遏制鼠疫南下之势。京师地区虽然病死了一些人，但还没有发生大的疫情。至宣统三年(1911年)正月，京师已无传疫之人，疫气已经消灭净尽。
