孙一奎，字文垣，号东宿，别号生生子，安徽休宁人，生卒于明嘉靖至万历年间（公元1522~1619年），为汪石山的再传弟子。汪石山虽然遥承朱丹溪之学，然又受到东垣学说的影响，而善用参、芪，注重营卫。孙氏虽为丹溪之再传弟子，然其并不学习朱氏的“阳有余阴不足论”，而在学术上擅长温补。孙氏在游括苍地区时，有人曾授以秘方，用之十分灵验，于是便专心致力于医学研究。为了提高学术水平，曾远历湘赣江浙等地寻师访友，广询博采，学识俱丰，成为当时一大名医。著有《赤水玄珠》、《医旨绪余》、《孙氏医案》等。
孙一奎是命门学说的倡导医家之—。他认为命门为两肾间动气，为原气之所系。原气来源于先天，由父母之精相合，在胎儿孕育期间即已经存在。此原气是人体生命活动的根本动力，所谓“生生不息之机”。原气即人身太极之本体，所谓太极，是从《周易》而来，“易有太极，是生两仪，两仪生四象，四象生八卦。”宇宙自然界间，先无极而后太极，太极而后阴阳。太极的哲学概念是指原始混沌之气，指阴阳未分之前的混元一气，是阴阳之根。孙氏以太极来比喻原气，是说明原气乃是人体阴阳之本，是人体生命之本源。所以，孙氏进—步总结命门之功用则说：“命门乃两肾中间之动气，非水非火，乃造化之枢纽，阴阳之根蒂，即先天之太极，五行由此而生，脏腑以继而成。”孙氏认为，从根本而言，人体呼吸的原动力在于肾间动气，即先天之气。
孙氏反对称命门内寄相火，但确认三焦当为相火。孙氏认为，三焦属腑，包络属脏，但其又不同于其他五脏与五腑的关系。包络为血母，为里；三焦为气父，为表，二者俱属于手经，相为表里。也正由于二者—主气，一主血，相互配合，协同主持一身之气血，以维持人体的正常生理功能。然而，三焦虽不与命门相配，但并非二者没有关系。孙氏认为，命门却是三焦之原，三焦之相火化生于命门之原气，为原气之别使。孙氏论君相之火，认为天人均有君相之火，而在人之君火属心，相火寄于包络、三焦，是属于正火范围，而肝肾之火则为贼火，从正邪角度将其加以区分。孙氏这一论述，无非是强调了肝肾命门无相火的观点，用以反对一些医家滥用寒凉之剂滋阴降火，损伤命门动气的弊端。
孙氏治病，首重明证。认为“凡证不拘大小轻重，俱有寒、热、虚、实、表、里、气、血”八个字，且病变多有始同而终异的情况，故治法不可执一而无权变。基于这种指导思想，他指出时医对内伤发热、虚损、血证等滥用苦寒，畏投甘温的偏弊。他十分重视三焦元气的保护和治疗，既反对滥用寒凉，又指出了过用辛热、疏导及渗利之剂的危害，认为不但纯阴苦寒之剂可致脾胃虚弱，元气损耗，而且“若用辛香散气，燥热伤气，真气耗散”，或疏导太过，也可耗损元气。若淡渗过剂，也多致肾气夺伤。由于三焦为原气之别使，又为“相火之用”，故凡命门原气不足，或相火衰弱，可出现三焦元气不足之证，其病变有气上不纳，水谷不化，清浊不分等情况。在三焦病变中，孙氏对下元虚寒尤为重视。其论气虚中满、肾泄等症，认为都属于下焦元气虚寒。又如癃闭、遗溺、小便失禁诸证，亦或与之有关。同时，对于下消及肾不纳气的治疗，孙氏又注意精气同治。
孙氏学说，以命门为两肾间动气，三焦为原气之别使。动气为生生不息之根，相火有裨助生生不息之功，其论说不仅阐发了祖国医学的有关理论，且能自出机杼，并与临床辨证施治相结合。因此，其学术理论和实践经验对祖国医学作出了一定贡献。不论对于临证治疗，还是对于养生保健，孙氏学说都有不可忽视的研究价值。
