日本是海外传播妈祖文化最早的国家之一，迄今已有６００多年历史，其最大妈祖庙位于横滨中华街。该庙香火鼎盛，人气兴旺，已成当地华侨华人乃至日本民众心灵寄托。
仅次于东京的日本第二大城市横滨，是从一个小渔村迅速发展成著名港口城市。１８５０年，横滨开港，引来世界各国商人，许多中国人亦飘洋过海来此，或当欧美商人帮手，或从事贸易、开店、打工，逐渐在该市中区下町一带形成居住区，建起中华街，距今已有１５０多年了。如今，横滨中华街已是全日本最大唐人街，东、西、南、北门分别建有朝阳、延平、朱雀、玄武四座牌楼，宏伟古朴；区内店铺达６００余家。每年光顾中华街的达１８００万人次，比东京迪斯尼乐园还多，且绝大多数是日本人，为横滨市最聚人气的宝地之一。
中华街妈祖庙始建于２００５年３月。当时横滨侨界组织斥资１０亿日元，从日本一著名房地产公司购回相关地皮，专门用于兴建全日本最大妈祖庙，由日本华裔、横滨中华街建筑总设计师中山严先生担纲设计，不仅与中华街整体建筑和谐统一，而且参照海峡两岸妈祖庙规制，采用中国传统宗教建筑八角形风格。
该庙整座建筑为两层混凝土结构，占地９８０平方米，土木工程由日本建筑会社负责；庙内外雕刻装饰和工艺安装，则由８位来自妈祖故乡福建的工艺师和４位来自台湾的技师完成；而建设所用的特色材料不少是从海峡两岸专程购运来的。甚至连庙内相关设置和管理机制，亦参照两岸妈祖庙模式，总投资达１８亿日元。充分体现中华妈祖文化传统特色。
２００６年１月，横滨侨界组团专程赴妈祖故里湄洲岛，由妈祖祖庙法师为订造完工的妈祖主神像、分神像及１００尊小神像举行分灵开光仪式，随后一路虔诚恭护回横滨。３月８日，妈祖主神像在业已告竣的中华街妈祖庙正殿安座入住。
同年３月１７日，中华街妈祖庙隆重举行落成庆典，中国驻日使馆总领事于淑媛、侨务领事李辉、日本横滨市市长中田宏与日本各地华侨华人社团、中华街各界代表近千人出席。中田宏市长特地致辞祝贺，他说，为保持中华街整体特色，横滨市决定放弃原兴建高层公寓计划，用来建设对弘扬妈祖及中华文化具有特别意义的妈祖庙。妈祖是中华文化中的海神，而横滨也是海港城市，希望妈祖也能保佑横滨。
庆典仪式上，该庙理事会九位理事人人身着蓝色中式长袍，向妈祖神像行三叩九拜大礼，虔诚敬献主香，祈愿天后娘娘保佑侨民侨社平安吉祥。当地中华学校学生还表演富有中国南方特色的狮子舞，庙内外人潮如涌，鞭炮锣鼓声此起彼伏。仪式结束后，人们争先恐后进庙烧香朝拜妈祖。
自此，妈祖庙成了横滨中华街又一地标性建筑，更是日本弘扬妈祖文化最大信仰中心。
