发掘出来的王宫建筑中，最有名的是“御座之室”和“大阶梯”。“御座之室”位于中心庭院西面，分为前后两部分，前室面向中心庭院，内有一个长方形地穴；后室较大，里面放着一个石制的宝座。宝座高高的靠背用雪花石膏制成，放在一个正方形的基脚上，座位下有奇异的卷叶式凸雕。地板染成红色，一面墙上画着两只躺着的鹰头狮身蛇尾的怪兽。伊文思刚开始认为这是一个浴室，但没有找到排水的地方。后来他又认为这里是3000多年前米诺斯王的议事厅，最后又从其浓厚的宗教意味联想到它是“地下世界的恐怖法庭”（米诺斯是传说中的冥王）。它的真正用途是什么，恐怕无人得知也无从得知。
另一个重要的建筑是“大阶梯”，它不仅是通向东面王室居所的唯一通道，而且在建筑群中起着举足轻重的作用。它与附近好几堵墙相联，墙上绘有壁画。阶梯的另一面安置有低矮的栏杆，栏杆上竖着上粗下细的柱子，支撑阶梯上的数个平台。伊文思为了不让“大阶梯”塌垮，用钢筋水泥予以加固，虽然这种“复原”遭到批评，但使“大阶梯”得以保存至今。
对于这个富丽堂皇的大建筑，德国学者沃德利克却持异议。他在1972年出版的一本书中提出，这个建筑绝非王宫，而是王陵或贵族坟墓。在他看来，那些被大多数考古学家认为是贮粮、油、酒的大陶罐其实是盛体的葬具，里面注满蜜糖以防腐；壁画象征灵魂转入来世，并且把死者在幽冥世界所需物品也画在上面；王宫中精细复杂的管道也是应防腐所需而铺设。这位德国学者详细阐述了自己的理由：首先，从建筑物的位置看，此地很开敞，易于四面受敌而无从防守；其次，此地缺少泉水，要从外面引入，居民不够饮用；再次，那些所谓的御用房屋，大都潮湿、阴暗，讲究生活情趣的米诺斯王族竟会选择这样的地方作居所吗？另外，若真是王宫，为什么在王宫范围内却没有厨房、马厩之类的房舍？难道这里的居民不需要食物和交通工具吗？沃德利克的观点与伊文思的截然相反，且所描绘的画面令人毛骨悚然，但是，近百年的考古发掘又表明，这里从未发现过墓葬之类的遗迹或体。这一点又该作何解释呢？
克诺索斯有一位最伟大的雅典艺术家、雕塑家及建筑师代达罗斯，他为国王米诺斯①修建了一座著名的迷宫，宫中通道交错，无论谁只要一走进去，就再也找不到出口。国王米诺斯将他不贞的妻子帕西法伊关在了这座迷宫里，因为他的妻子迷恋上神物白牛，并生下了一个牛首人身的怪物米诺陶罗斯。
每隔七年雅典人都要向米诺陶罗斯献上七个小伙子和七个姑娘作为祭品。如此过了两个七年，到第三个七年时，阿尔戈斯②的儿子忒修斯主动请缨去迷宫同这个怪物作战。他战胜了米诺陶罗斯。顺着米诺斯国王的女儿阿里阿德娜送给他的那条系在入口处的线，他顺利地找到了返回的路。
