1957年月，潼南县委决定成立潼南县科学技术普及协会，1958年中国科协颁发《县科协通则》规定：“县科协是中国共产党县委领导下的科学技术群众团体”。科协从成立以来经历了“三起、两落”的发展过程，1957年至1958年，县科协处于初建阶段，主要通过印发科技资料向群众干部宣传科学技术知识。1958至1962年与县科学技术委员会合署办公，在此期间基层科普协会发展到53个、科普小组20个，有会员1108人。1962年困难时期，国家精简机构，科协机构被撤销。1964年4月随着党的“调整、巩固、充实、提高”八字方针的贯彻，县委决定恢复县科协办事机构，配备专职工作人员2人。1966年后的十年科协工作处于瘫痪，活动中断，机构无形消失。1978年8月县委决定恢复科协机构独立建制至今。2001年机构改革编制明确规定：县科协行政编制4名。其中：主席1名、副主席1名；办公室主任1名，办事员1名；机关工勤人员事业编制1名。