在人身体的体表及其与外界相通的腔道， 如口腔、 鼻腔系统、 咽喉腔、 眼结合膜、 肠道及泌尿生殖道等部位都有大量的微生物的存在， 其中一部分为长期寄居的微生物， 在机体防御机能正常时是无害的， 称为正常菌群或正常微生物群。 正常菌群对人体有益无害， 而且是必须的。 正常菌群是由相当固定的细菌组成， 有规律地定居于身体一些特定部位， 成为身体的一个组成部分。 正常菌群数量是巨大的， 大约为1014个左右， 在长期的进化过程中， 通过个体的适应和自然选择， 正常菌群中不同种类之间， 正常菌群与宿主之间， 正常菌群、 宿主与环境之间， 始终处于动态平衡状态中， 形成一个互相依存， 相互制约的系统， 因此， 人体在正常情况下， 正常菌群对宿主表现不致病。
除正常菌群外， 还有一种称为过路菌群， 又称外籍菌群， 是由非致病性或潜在致病性细菌所组成， 来自周围环境或宿主其它生境， 在宿主身体存留数小时，数天或数周， 如果正常菌群发生紊乱， 过路菌群可在短时间内大量繁殖， 引起疾病。
正常菌群有许多重要的生理功能：1、 如菌群之间生物的拮抗作用， 正常菌群在人体某一特定位粘附，定植和繁殖，形成一层菌膜屏障。通过拮抗作用，抑制并排斥过路菌群的入侵和群集，调整人体与微生物之间的平衡状态。2、免疫作用，正常菌群能刺激宿主产生免疫及清除功能。 3、排毒作用，如双岐杆菌能使肠道过多的革兰氏阴性杆菌下降到正常水平，减少内毒素的吸收。4、抗肿瘤作用，能降解、清除体内的致癌因子，激活体内的抗肿瘤细胞因子等。 5、抗衰老作用等。
肠道菌群除了上述以上功能之外，对人体还有营养作用，人体肠道的正常微生物，如双岐杆菌，乳酸杆菌等能合成多种人体生长发育必须的维生素，如B族维生素（维生素B1、B2、B6、B12），维生素K，烟酸、泛酸等，还能利用蛋白质残渣合成非必需氨基酸，如天冬门氨酸、丙氨酸、缬氨酸和苏氨酸等，并参与糖类和蛋白质的代谢，同时还能促进铁、镁、锌等矿物元素的吸收。这些营养物质对人类的健康有着重要作用，一旦缺少会引起多种疾病。如糖尿病、高血压、高血脂等。B族维生素和非必需氨基酸对人类的毛发具有重要的作用，当缺少这些营养元素，会导致头发脱落或毛发发黄、发叉，容易折断等现象。
人类与微生物之间的动态平衡称为微生态平衡，影响其微生态平衡的因素有外环境因素，也有宿主因素，外环境主要是通过改变宿主的生理功能产生的，如正常菌群，通过产生细菌素，抗生素和其代谢产物，以及争夺营养，空间争夺以阻止过路菌群入侵，保持自身的稳定性。生态平衡时，可以保持宿主的正常生理功能，如营养、免疫、消化等。生态失调可因慢性病，癌症，手术，辐射感染，抗生素不合理应用等引起。
对肠内微生态失衡者，可以直接补充双歧杆菌，或者补充膳食纤维，都可以达到同样的效果。
肠道菌群和便秘之间的关系：
一个健康的肠道是和里面有益的肠道菌群密不可分的。 在健康条件下， 肠内菌群中的有益菌占优势， 其代表如双歧杆菌、 乳杆菌等。 正常粪便含有70—80%的水份， 这些水份的保持就得益于肠内菌群的附着和存在。 所以维持身体的健康， 保持肠内有益菌占优势是十分必要的。
如果在肠道中没有肠道菌群（ 比如吃了抗生素把肠道菌群大部分都杀死了 ）， 粪便中也就没有了菌群和水份的完美结合， 粪便又干又硬~~~~~~~~ 便秘就在所难免了~~~~~~~~~~~~
肠道菌群是如何分布的？[1]
健康人的胃肠道内寄居着种类繁多的微生物，这些微生物称为肠道菌群。在人类胃肠道内的细菌可构成一个巨大而复杂的生态系统，一个人结肠内就有400个以上的菌种。
从口腔进入胃的细菌绝大多数被胃酸杀灭，剩下的主要是革兰氏阳性需氧菌。胃内细菌浓度<10 3 CFU/ML（CFU即colony forming unit菌落形成单位）。
小肠菌全的构成介于胃和结肠之间。近端小肠的菌丛与胃内相近，但常能分离出大肠杆菌和厌氧菌。在远段回肠，厌氧之间。
近端小肠的菌丛与胃内相近，但常能分离出大肠杆菌和厌氧菌。
远段回肠，厌氧菌的数量开始超过需氧菌，其中大肠杆菌恒定存在，厌氧菌如类杆菌属、双歧杆菌属、梭状芽胞杆菌属，都有相当数量。
在回盲瓣的远侧，细菌浓度急剧上升，结肠细菌浓度高达10.11 ～10.12 CFU/ml，细菌总量几乎占粪便干重的1/3。其中厌氧菌达需氧菌的10.3 ～10.4 倍。主要菌种为粪杆菌属、双岐杆菌属和真杆菌属。
