中山科学研究院，简称为中科院，1969年7月1日成立於桃园县龙潭乡，原直属於国防部，为一级单位，现隶属於国防部军备局，为二级单位，但院长和军备局长均为中将。创院时下设「核能研究发展」、「火箭研究发展」、「电子研究发展」、「化学材料科学资源开发研究发展」4 所，首任院长为阎振兴，总员额约1,200人。
沿革
1965年国防部成立「石门科学研究院筹备处」唐君铂中将为筹备处主任。筹备处初设核能、火箭、电子3个研究作业组；同年6月，改名为「中山科学研究院筹备处」，该处下设3所，总员额约600人，1968 年筹备处增设第4所。1987年因张宪义叛逃，所属的核能研究所移交给行政院原子能委员会。
中山科学研究院最初以「国防自主、科技建军与自制」为目标。1994年7月起配合国防部成立的「军民通用科技发展基金」，开始推动军民通用的科技研发，即「军民通用产合开发计画」，以此成立「中山科学研究园区」，将研发成果及经验实务转移至军民通用科技的发展上，为国军国防科技研发之专责机构。
目前中科院由於经费不足，人力资源单位规划从2006年开始，以5年时间裁员4000人，希望这次最大规模裁员，把中科院目前近万人员额，在2010年精简到6000人，藉此维持中科院正常运作。
组织
中山科学研究院现隶属于中华民国国防部军备局之下，院内的主要编制有6个研究所、4个研究中心，包括：
航空研究所
飞弹火箭研究所
资讯通信研究所
化学研究所
材料光电研究所
电子系统研究所
系统发展中心
系统制造中心
系统维护中心
资讯管理中心
知名的武器研发
青蜂飞弹
昆吾飞弹
天马飞弹
工蜂四型多管火箭
工蜂六型多管火箭
雷霆2000多管火箭系统
天剑一型飞弹（仿自美国响尾蛇飞弹）
天剑二型飞弹
雄风一型反舰飞弹
雄风二型反舰飞弹
雄风二E型飞弹
雄风三型反舰飞弹
天弓一型防空飞弹
天弓二型防空飞弹
历任院长
阎振兴 1969-
唐君铂郝柏村 1982-1989
叶昌桐
沈方枰
陈友武1998.8.1-2001.7.15.
刘金陵2001.7.16.-2004.6.1
龚家政2004.6.1-2007.12.1
金寿丰2007.12.1-今