国务院南水北调工程建设委员会办公室（正部级）是国务院南水北调工程建设委员会的办事机构，承担南水北调工程建设期的工程建设行政管理职能。
一、主要职责
（一）研究提出南水北调工程建设的有关政策和管理办法，起草有关法规草案；负责国务院南水北调工程建设委员会全体会议以及办公会议的准备工作，督促、检查会议决定事项的落实；就南水北调工程建设中的重大问题与有关省、自治区、直辖市人民政府和中央有关部门进行协调；协调落实南水北调工程建设的有关重大措施。
（二）负责监督控制南水北调工程投资总量，监督工程建设项目投资执行情况；参与南水北调工程规划、立项和可行性研究以及初步设计等前期工作；汇总南水北调工程年度开工项目及投资规模并提出建议；负责组织并指导南水北调工程项目建设年度投资计划的实施和监督管理；负责计划、资金和工程建设进度的相互协调、综合平衡；审查并提出工程预备费项目和中央投资结余使用计划的建议；提出因政策调整及不可预见因素增加的工程投资建议；审查年度投资价格指数和价差。
（三）负责协调、落实和监督南水北调工程建设资金的筹措、管理和使用；参与研究并参与协调中央有关部门和地方提出的南水北调工程基金方案；参与研究南水北调工程供水水价方案。
（四）负责南水北调工程建设质量监督管理；组织协调南水北调工程建设中的重大技术问题。
（五）参与协调南水北调工程项目区环境保护和生态建设工作。
（六）组织制定南水北调工程移民迁建的管理办法；指导南水北调工程移民安置工作，监督移民安置规划的实施；参与指导、监督工程影响区文物保护工作。
（七）负责南水北调工程（枢纽和干线工程、治污工程及移民工程）的监督检查和经常性稽察工作；具体承办南水北调工程阶段性验收工作。
（八）负责南水北调工程建设的信息收集、整理、发布及宣传、信访工作；负责南水北调工程建设中与外国政府机构、组织及国际组织间的合作与交流。
（九）承办国务院和国务院南水北调工程建设委员会交办的其他事项。
二、内设机构
根据上述主要职责，国务院南水北调工程建设委员会办公室内设6个职能机构。
（一）综合司
组织起草南水北调工程建设有关法规草案和会议文件；组织研究、拟定南水北调工程建设有关政策和管理办法；组织实施机关有关规章制度；负责会议组织、文电管理、秘书事务、机要保密和档案管理等工作；组织南水北调工程建设有关信息、资料的收集、整理、发布和机关电子政务建设；组织南水北调工程建设的宣传，协调重大宣传活动；负责人民来信来访工作；组织协调南水北调工程建设中与外国政府机构、组织及国际组织间的合作与交流，协助有关方面为南水北调工程建设引进资金和技术；负责机关和直属单位机构编制、人事管理、工资和培训等工作；负责机关、直属单位外事和出国（境）人员的审查工作；负责机关和直属单位党风廉政建设工作；组织机关及直属单位的内部审计工作。承办机关党委的日常工作。
（二）投资计划司
监督控制南水北调工程投资总量，监督工程建设项目投资执行情况；汇总南水北调工程年度开工项目及投资规模并提出建议；承办南水北调工程建设和直属基础设施建设年度投资计划的编制、下达和调整的有关具体工作；协调、平衡南水北调工程投资计划和工程进度；组织开展南水北调工程建设专题研究；审查并提出工程预备费项目和中央投资结余使用计划的建议；提出因政策调整及不可预见因素增加的工程投资建议；审查年度投资价格指数和价差；组织项目建设评价工作，管理基建投资统计工作；参与工程建设期间水量调度方案的编制和水量调度。
（三）经济与财务司
协调、落实和监督南水北调工程建设资金的筹措、管理和使用；参与研究并参与协调中央有关部门和地方提出的南水北调工程基金方案和基金征收管理办法；审查并提出年度建设资金预算，经批准后组织实施；组织实施投资控制风险分析；参与南水北调工程经济运行机制和供水水价方案的研究；负责机关及直属事业单位部门预算编制、财务及资产管理工作。
（四）建设管理司
协调、指导和监督、检查南水北调工程的建设工作；监督管理工程建设监理和工程质量；组织协调工程建设中的重大技术问题；组织管理南水北调工程建设科研工作，拟订南水北调工程建设特殊的规章制度、技术标准。
（五）环境与移民司
承办协调落实“先节水后调水，先治污后通水，先环保后用水”原则的有关措施的具体工作；指导、协调和监督南水北调工程移民安置规划的实施；研究拟订南水北调工程有关移民政策；参与审核南水北调治污工程、移民工程项目建议书、可行性研究报告；参与编制治污工程、移民安置年度计划并对执行情况进行监督检查；参与协调工程项目区环境保护和生态建设工作；协调南水北调工程调水区、受水区水资源、生态环境和水土流失监测工作；协调移民工作中的重大问题；参与指导、监督工程影响区文物保护工作。
（六）监督司
组织南水北调枢纽和干线工程、治污工程及移民工程的监督检查和经常性稽察，提出监督检查报告，督促监督检查整改意见的落实；承办南水北调工程阶段性验收的组织协调及竣工验收的准备工作。
机关党委。负责机关及在京直属单位的党群工作，办事机构设在综合司。
