B因子（factor B,Bf）替代激活途径中的重要成分，由Blum于1959年首先发现。B因子为由733个氨基酸残基组成的单链糖蛋白（糖含量约7%），分子量93kDa。由于这些氨基酸的迂回折叠形成三个大小相近似的球形区。其中1个为Ba，其余两个呈哑铃状为Bb。Bb中靠近N端的一个球形区可同C3b结合，另一个球形区可能是催化区（图5-12）。在Mg2+存在的情况下，B因子可与C3b结合形成C3bB，被血清中的D因子裂解为分子量为33kDa的Ba和63kDa的Bb两个片段。后者3再与C3b结合形成替代途径的C3转化酶（c 3bBb）和C5转化酶（C3bnBb）。两种酶中的Bb均具有丝氨酸蛋白酶活性，是裂解C3和C5的活性部位，但C 3bBb和C 3bnBb均不稳定，易衰变失去活性。
近年研究发现，B因子的两个裂解片段还具有免疫调节作用。其中Bb能促进经金黄色葡萄球菌Cowan I株（SAC）刺激活化的B细胞增殖，而Ba则对B细胞生长因子（BCGF）诱导的进入活化状态的B细胞增殖有明显抑制作用，且呈浓度依赖关系。B因子和C2均属于补体超家族的成员，二者的编码基因紧密连锁。编码B因子的基因定位于人的第6号染色体短臂21区，基因长度6kb，含18个外显子。
