农业污染是指养殖类所排泄出来的废物及粪便及在生产操作过程中，使用定量的化学药剂，造成对环境、禽畜、人体的危害。 农业污染有以下几点：1、人、畜、禽粪便污染。在一些村庄畜禽粪便随处可见。 2、化学肥料、农药污染。平均每亩地每年至少要使用150公斤化肥，每年至少使用农药5次。使用农药包括给庄稼治虫、治病、除草，还不包括蔬菜方面。 3、垃圾污染。垃圾无人管，其中包括废旧塑料、废旧电池和生活垃圾。 4、焚烧污染。这里主要指每年夏秋两季焚烧秸秆（即焚烧麦秆和稻秆），每年持续时间分别约一个星期，规模之大，范围之广，搅得天昏地暗。 5、植物污染，这里主要是河塘里的水花生，水花生夏秋生长，入冬后腐烂，年复一年，引起河塘里的水发绿、发臭。水花生也成为一大公害。 一项调查表明，化肥的超量使用已经导致我国地表及地下水污染加剧，而农药的滥用致使其在环境及农副产品中的残留现象日益严重。我国农药使用中以杀虫剂为主，占农药总用量的78%，其中，又以甲胺磷、敌敌畏等毒性较高的品种使用最多。据农业植保部门抽样调查，在叶菜上使用过高毒农药的种植户占到32.8%，令人忧心的是，我们的农药施用量每年仍以10%的速度递增。
滥用饲料添加剂导致畜产品中有害物质不断超标，无节制地焚烧秸秆造成日益严重的大气污染，大量的化肥、农药被雨水带入水体中形成农村面源污染，未处理的畜禽养殖污水成为新的污染源……如今，我国农牧业在某些领域的污染已经大大超过了工业污染，如何阻击农业污染已是摆在我们面前的一个重要课题，解决这一问题的出路在于推行“清洁生产”。
将清洁生产的理念引入农业生产领域不仅是国际上的一种潮流，也是《清洁生产促进法》的具体要求，更是我国农业实现可持续发展的根本出路。
《清洁生产促进法》中规定，农业生产者应当科学地使用化肥、农药、农用薄膜和饲料添加剂，改进种植和养殖技术，实现农产品的优质、无害和农业生产废物的资源化，防止农业环境污染。这是对农业清洁生产的基本要求。
农业清洁生产的核心是采取综合措施，充分利用农业生物资源和生物技术，减少农药、化肥等农用化学品的使用，进而达到减少污染、产品优质无害以及提高农业生产效益的目的，达到这一目的的途径则是发展有机农业、生态农业。
