波多野氏为藤原秀乡的后裔，平安时代自关东举族迁居丹波，逐渐成为丹波国的有力国人。波多野秀长在“应仁之乱”中加入细川胜元东军，在京都、近江等地屡立战功，深得胜元的喜爱。“应仁之乱”平息后波多野秀长被胜元之子政元（“半将军”）任命为丹波守护，波多野家正式登上了历史舞台。
秀长之子植通是波多野家的中兴英主。1515年植通主持修建了日本战国时代十大坚城之一的八上城作为居城，向世人宣示了波多野家人力、物力和财力之丰厚。1525年植通趁细川家“内粉”、近畿大乱之际驱逐了细川家安在丹波的钉子——丹波守护代内藤国贞，从而独霸丹波一国，使得波多野家转化为战国大名（波多野家的勃兴是战国时代屈指可数的几个守护驱逐守护代的例子之一）。
但是，植通之子晴通却是一个暗弱昏庸之辈。在1555年三好长庆流放细川晴元并以闪电般的速度席卷近畿的时候，晴通居然打着“复兴细川家”的旗号与三好家开战（植通若是地下有知，非得找他儿子索命不可）——结果自然是被三好长庆和松永久秀虐得哭爹叫娘，最后只得向三好家臣服。
晴通之子秀治勇谋兼备，颇有植通之风。1564年三好长庆病死，三好家立即分裂为三好义贤、三好长治、松永久秀和“三好三人众”四派，近畿再度大乱。秀治趁机发兵攻灭了丹波国内的全部亲三好势力，再一次独霸丹波一国。
1568年织田信长“上洛”成功，波多野秀治被迫像织田家屈服。然1569年将军足利义昭发动了“信长包围网”，波多野秀治高估了“包围网”的力量，决意背叛信长。但是信长经过六年的苦战打破了“包围网”，并流放了足利义昭，波多野家遂成为了织田军猛攻的主要目标。
1575年，织田信长令明智光秀全权负责攻略丹波。波多野秀治利用丹波多山的地形与织田军进行笼城战和游击战，使得明智光秀的侵攻进展缓慢。后织田信长又抽调近畿的丹羽长秀和池田恒兴两部配合明智光秀的行动，亦收效甚微。信长大怒，乃对光秀下了限期一年的“最后通牒”；光秀十分恐慌，除了加强攻势之外，又向播磨的羽柴秀吉求援。1576年，明智、羽柴、丹羽和池田四部兵马五万余人开始强攻丹波诸城，波多野秀治决意收缩兵力，集中防守八上城——只有赤井城城主赤井直正（“丹波之赤鬼”）拒绝弃城，最后在羽柴秀吉部十倍以上的兵力的强攻下战败，直正亦死于秀吉麾下胁坂安治之手。八上城坚固无比，织田军数次强攻均未得手；于是只得采用羽柴秀吉的“断粮战法”——围而不攻。一年半之后城中粮尽，秀治与其弟秀尚被迫出降。后信长在安土城接见了他们并许诺“安堵”，但是最终却又违约杀死了他们。昙花一现的波多野家就此灭亡。
史载秀治、秀尚兄弟之所以投降，除了城中粮尽之外，还在于得到了重要的人质——明智光秀的母亲。但是织田信长最终还是违约杀死了秀治、秀尚兄弟，愤怒的波多野家家臣便也将光秀的母亲杀死。这也成为日后光秀发动“本能寺之变”的原因之一。
