沈起元，字子大，江南太仓人，清朝官吏。康熙六十年进士，选庶吉士，改吏部主事。擢员外郎，以知府发福建用。总督高其倬令权福州，调兴化。时世宗闻福建仓谷亏空，遣广东巡抚杨文乾等往按，被劾者半，受代者争为烦苛，起元独持平。莆田民因讼互斗，其倬恐酿乱，令捕治。起元责两人而释其馀，报曰：“罪在主者，馀不足问也。”寻摄海关，裁陋规万馀金。巡抚常安有奴在关，以索费困商舶。起元闻，立督收税如额，令商舶行，白常安斥奴。自是人皆奉法。其倬奏开南洋，报可。已，复令商出洋者，必戚里具状，限期返，逾者连坐。起元曰：“人之生死，货之利钝，皆无常，戚里岂能预料？且始不听出洋则已，今听之，商造船集货费不赀，奈何忽挠以结状？若令商自具状，过三年不归，勿听回籍，不犹愈乎？”其倬从之。
调台湾。台湾田一甲准十一亩有奇，赋三则：上则一甲谷八石，中则六石，下则四石，视内地数倍。然多隐占，民不甚困。时方清丈，占者不得匿。其倬欲使台湾赋悉视内地下则，恐不及额致部诘。起元令著籍者仍旧额，丈出者视内地下则。俟隐占既清，更减旧额重者均於新额，赋不亏而民无累。起元在福州，以辨冤狱忤按察使潘体丰，体丰中以他事，镌四级，遂告归。
高宗即位，起江西驿盐道副使。乾隆二年，擢河南按察使。会久雨，被灾者四十馀县，饥民四走，或议禁之。起元谓：“民饥且死，奈何止其他徙？”令安置未被水诸县，给以粮，遂无出河南境者。巡抚雅尔图檄府县修书院，以起元总其事，乃教群士省身克己之学。立章善坊，书孝子、悌弟、义夫、贞妇名，采访事实，为章善录版行，一时风动。
七年，迁直隶布政使。大旱议赈，总督高斌欲十一月始行，起元力请先普赈一月，俟户口查竣，再分别加赈。有倡言赈户不赈口者，起元曰：“一户数口，止赈一二，是且杀七八人矣！”檄各属似此者罪之。户部尚书海望奏清理直隶旗地，有司违限，旨饬责。斌将劾数州县应命，起元不可，曰：“旗地非旦夕可清，州县方赈灾，何暇及此？独劾起元可也！”乃止。九年，内转光禄寺卿。十三年，移疾归。
起元自少敦厉廉耻，晚岁杜门诵先儒书。临没，言：“平生学无真得。年来静中自检，仰不愧，俯不怍，或庶几焉！”
