高淳县实验小学的前身是清道光八年(1828年)建立的学山书院，光绪三十一年（1905年）就学山书院改设高淳县学堂。清末解元王嘉宾任堂长。学堂原在淳溪镇学山的文昌宫，后扩张到尊经书院的尊经阁、明伦堂等处。民国元年（1912年）改为高淳县立第一高等小学校，首任校长杨云溪。1935年改名为高淳县立城中小学校，潘宗纪任校长。抗战期间曾一度迁往漆桥南者、漕塘双山办学。抗战胜利后，更名为高淳县城区示范中心国民学校，江永芬任校长。
1949年5月高淳解放后，定校名为高淳县城区小学。1952年首次附设幼儿班。1969年改名为高淳电厂东方红学校。1978年经镇江地区批准为县重点小学，1979年恢复原校名。1981年3月，经江苏省教育厅批准为全省首批办好的实验小学之一。1995年9月，以城区小学为依托，创办公办民助小学——高淳县求真小学(2006年停办)。1998年县城学校布局调整，高淳县中整体搬迁至镇兴路新校区，原校园大部分划归城区小学，同年5月更名为高淳县实验小学，同年9月以高分通过江苏省教育委员会评估验收。再次被确认为省实验小学。2002年8月，高淳县实验小学与北京中防院文化教育发展有限公司及本县武家嘴村合作创办股份制民办公助学校——高淳县实验学校。目前，学校有51个教学班，学生2861人；附属幼儿园有12个班，入园幼儿460人；全校有教职员工144人,专任教师116人。学校目前占地51500平方米，建筑面积13634平方米，绿化覆盖率达35%。学校有普通教室59个，专用教室11个，多媒体教室2个，实验室1个，舞蹈房1个，课件制作室1个，电脑房4个，儿童化阅览室1个，此外还有校史室、红领巾广播室、图书馆。图书室藏书35000册。全校有学生专用电脑280多台。校内有200米环形跑道的田径场，室外足球场1片。室内体育馆面积992.5平方米，设篮球场、排球场、羽毛球场、乒乓球室，另外还有武术房、健身房、形体训练房。
