西南医院眼科始建于1929年，经过历代院领导和眼科前辈的努力，已形成一支由教授、副教授、讲师、主治医生、博士后、博士、硕士组成的技术力量雄厚、学术梯队合理的眼科队伍。现有博士生导师2名,硕士生导师4名,共招博士和硕士研究生35名，聘有国内外5位名誉教授和6位客座教授，均是在各自领域处于国际先进甚至领先水平的专家。近年来共获各类科研基金450万元。1986年被批准为硕士授予权学科，1998年被命名为“第三军医大学眼科专科中心”，1998年建立了西南地区第一个眼库,1999年成立了重庆市眼底病研究所，2000年被总后命名为“中国人民解放军眼科医学专科中心”，2000年获国家眼科学博士学位授权点，2001年成立第三军医大学西南眼科医院。1999年6月与重庆市残疾人联合会组建成立了“复明中心”，并组建了流动医疗队，定期深入到边远山区，大批量、低价格、高质量进行白内障复明手术。2003年被国务院残委评为全国残疾人康复工作先进集体。2004年被第三军医大学评为优秀基层单位、先进教学集体，被重庆市组织部评为学习三个代表、红岩精神先进集体。
西南眼科医院分为：门诊治疗区、屈光手术中心、视光中心、特殊检查区、住院部、实验室。占地6000多平方米，住院部开设病床120张，按疾病种类不同分为A、B、C三区，实行整体护理服务制，三级医生负责制，可以满足不同层次病人的需要。2004年门诊量达61593人次，较2003年增长20.69 %；收治住院病人3365人，较2003年增长45.48%；年手术量达9259台次（门诊+病房）。引进有美国、德国、日本最先进的同视机、白内障超声乳化仪，准分子激光系统，玻璃体切割系统，多波长眼底激光和眼底影像系统等，设备总价值达四千多万元。先后建立了眼科对外网站及质量管理内网, 实现了内网的医疗质量管理控制体系和外网信息的实时公示, 提供了大量基础临床数据平台,在网页上开辟网上留言、院长信箱、继教专栏等，为患者提供了连续性、系统性服务。
西南眼科医院成立的重庆市眼底病研究所、白内障复明中心、眼库、眼屈光手术中心、现代视光中心将加速白内障和角膜病复明工程，加强眼底病、严重眼外伤和儿童斜弱视的防治和研究，不仅有助于减少重庆市的盲人，减轻政府的财政负担，也是为重庆经济稳定持续发展，为市政府将重庆市建成西南地区医疗中心和重大举措贡献我们的一份力量。2005年将以人才引进和培养为中心，以临床的系统化信息化管理为依托，以科研新技术（新的诊断仪器设备，新的治疗手段）开发和应用为突破口，创造第三发展曲线，为全国人民提供更优良的医疗服务。
