东山祖祠，位于荔城之西北，东岩山之南麓，占地面积极6,9亩，原系林龙江先生祖父林富建的"东山樵舍"，明代建为"麟峰书院"，林龙江先生于此讲学，号宗孔堂。他逝世后，于万历三十年（1602）门徒把它改建为麟山祖祠，俗叫东山祖祠，主祀三教先生林龙江。清宣统元年（1909），再次改建，匾称东山祖祠。
祠内大殿前方左侧砖坪上，有石埕群团状似麒麟，故名麒麟石。拜亭前方石埕右侧水井，井内系 荒石涌出清泉，水质纯净可口，全年不枯，是天然矿泉水，祠后一株千年古樟，干围长达成13.8米，一干3支，一支枝叶茂盛，两支虽枯，近来出现再生奇迹，其树世传为三教合一象征，至今有1600多年，是省文物保护之植物。可堪称祖祠"三奇迹"。1993年莆田市人民政府公布东山祖祠为莆田市文物保护单位。
祠宇坐北向南，由三门、石埕、拜亭、丹墀、宗孔堂及林龙江纪念馆等组成建筑群。三门正中悬横匾"东山祖祠"，旁列"真心超出三千界、妙法还从不二门"，两侧各奉天神、地祗守门将军。拜亭为24根石柱支架的简殿，朴素大方，供瞻仰和休息之用。纪念馆陈列林龙江先生的生平事迹。宗孔堂为该祠中心大殿，正中供奉三一教主林龙江先生圣像，左祀张三峰，右祀卓晚春，在张、卓的下首分别供奉"四配"：卢文辉、林至敬、张洪都、朱逢时四大门徒。