浙江中医药大学第三临床医学院前身为浙江中医学院针灸推拿系，筹建于1978年，1983年秋开始招收针灸专业专科学生。1986年春，经国家教育部、省教育厅批准，正式成立针灸推拿系，并开设五年制针灸专业本科和三年制推拿专业专科。1984年首批增设针灸专业硕士点。1989年经浙江省教委评审确立为省级重点扶植学科。1992年春，建立浙江中医学院针灸推拿中医门诊部。1994年，建立浙江中医学院针灸推拿气功研究所。2001年，《针灸学》和《推拿学》分别列为浙江省中医药重点学科。2002年，针灸推拿专业分设针灸推拿、康复医学、医学美容三个专业方向。2003年，针灸推拿专业列为浙江省重点建设专业。2004年增设康复治疗学专业并开始招生，次年被批准为硕士学位授予点。2004年7月，与原医学院门诊部合并成立了浙江中医学院附属针灸推拿医院。2005年，经浙江省教委评审确立为省级重点学科。2006年5月学院更名为浙江中医药大学第三临床医学院，附院更名为浙江中医药大学附属第三医院。2008年，针灸推拿学专业经省教育厅评估验收，被授予浙江省省普通高校重点专业称号，同年，被批准为教育部第一批特色专业建设点。二十几年来，针灸、推拿、康复事业各方面都取得了很大发展。 学院下设4个教研室（针灸教研室、推拿教研室、医学康复教研室、医学美容教研室）和针灸推拿研究所下属的4个实验室（实验针灸实验室、电生理实验室、针灸免疫实验室、推拿手法测试室），以及行政办公室和学生工作办公室。有一家直属的以针灸推拿为特色的浙江中医药大学附属第三医院（又名浙江省针灸推拿医院），是本专业的主要实践基地。
学院建有高标准的、全国同类专业一流的针灸示教室，推拿示教室，练功房，体能训练室，功法和推拿手法测试室，针灸实验室，学生针灸推拿和医学美容两个模拟诊室，康复医学示教室等。本院现有教职工43人，其中正高职称13人，副高职称13人，中级职称17人，其中博士学位6人，硕士学位17人。十余年来，共培养针灸、推拿专业等本、专科学生1400余人，硕士研究生32人。现有本科学生408人，硕士研究生40人。同时培养了一大批成教学生、国外进修生和留学生。主要承担本科课程和5门研究生课程的教学。
目前承担国家973计划项目1项，子课题1项，“十一五”国家科技支撑计划子课题1项，国家自然基金课题2项，省自然基金3项，其它省部级课题4项。近五年获省科技进步三等奖2项，国家教育部科学技术奖自然科学一等奖1项，中华中医药学会科学技术奖二等奖1项，厅级科技创新奖6项，发表科研论文61篇，论著8部。近五年获省教学名师1人，卫生部教学课件二等奖1项，中华中医学会科普著作一等奖2项，现有教育厅教改课题2项，校级9项，省精品课程3项，校级精品课程1项，出版教材和教学参考书21本，发表教学论文28篇。
浙江中医药大学附属第三医院是学院直属临床教学基地，是浙江省目前规模最大的集临床、教学、科研一体的针灸推拿专科性医院。核定病床200张，：“浙江名中医馆”也设在医院三楼，名中医优势享誉省内外。医院建有中医脑病治疗中心、风湿病治疗中心、脊柱及骨关节病治疗中心。有针灸科、推拿科、中医骨伤科、康复科、医学美容科，以及中西医内科、中西医内科、中西医妇科等临床科室，具有鲜明的中医、针灸、推拿、骨伤、康复治疗特色，为本院学生后期临床教学提供了有力的保障。
