中国医科大学基础医学院的前身是医学基础部。始建于1956年，1994年4月更名为基础医学院。目前，学院已发展成为博士点全面覆盖的基础医学教育的重要基地和医学基础理论的研究中心。几十年来为培养高层次、高素质和高水平的医学人才做出了重要贡献。
该院现拥有基础医学和生物学2个一级博士学位授权学科，基础医学博士后流动站，细胞生物学卫生部重点实验室，教育部和辽宁省共建细胞生物学重点实验室，辽宁省细胞生物学重点实验室；有细胞生物学、生物化学与分子生物学、病理学与病理生理学、人体解剖与组织胚胎学4个省级重点学科和1个省高等学校创新团队。教研室26个，研究室7个。博士生导师36人，教授66人，副教授63人，职工总数439人。
1963年全国推广了该院的“三基”、“三严”教学经验，至80年代的历次统考中名列前茅，并在首次统考中就夺得第1名，体现了该院教学工作的传统优势。自198l年起在全国首创日语医学班，培养了大量的日语医学人才。创建的英语医学班，促进了英语教学质量的提高。在历年大学英语全国统考四、六级一次通过率远远超过全国重点院校30%的平均通过率。在本科生教学中率先进行了以形态、机能及神经科学、生物科学的整合为特点的教学体系与实验内容的教学改革和PBL教学改革。现承担七年制、国际医学班、英语班、日语班、博士、硕士研究生、本科生等多层次教学任务，共开设基础课程36门。承担各类教学课题37项，开展继续教育项目15项。
现有国务院学位委员会学科评议组成员1人，国家名师1人，辽宁省名师4人，全国优秀教师4人，卫生部优秀教师1人，省优秀教师5人，获省级优秀成果奖16项，国家级精品课程3门，辽宁省精品课程5门，主编全国高等学校5年制和7、8年制教材、“十五”与“十一五”国家规划教材9部，其中解剖教研室主编《解剖学教学大挂图》获国家出版署优秀教材特等奖，《人体解剖图谱》获全国科技大会奖。
获国家杰出青年基金、“863计划”、“973计划”、国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金、教育部高等学校骨干教师资助计划、教育部跨世纪人才基金、教育部新世纪优秀人才支持计划、教育部博士点基金、人事部高层次留学回国人才工作资助和辽宁省科技基金重中之重项目等一大批资助项目。在研课题93项，基金资助总额1261万元；其中国家自然科学基金36项，基金资助总额823万元。2006年在国内外学术刊物发表学术论文215篇，SCI收录论文10篇。近4年科研成果获省部级科技进步奖14项，其中二等奖5项。
现有在读研究生424人，其中博士生161人。2006年，该院培养的研究生获辽宁省优秀博士毕业论文1篇，获校优秀博士论文1篇，校优秀硕士论文1篇，5名同学获辽宁省优秀毕业生称号，18名硕士研究生提前攻读博士学位，发表论文85篇。
该院与美国、日本、英国、德国、瑞典、比利时等国家和地区的二十多所著名的大学建立了校际合作与交流关系。获得与国外合作科研课题26项，获资助科研经费660多万元。平均每年邀请国外专家来院学术交流10余次、举办国际学术会议1次。
