生态结构（Ecological Structure）是生态系统的构成要素及其时、空分布和物质、能量循环转移的途径。是可被人类有效控制和建造的生物群种结构。不同的生物种类、种群数量、种的空间配置、种的时间变化具有不同的结构特点和不同功效。它包括平面结构、垂直结构、时间结构和食物链结构四种顺序层次，独立而又相互联系，亦是系统结构的基本单元。国内外均有很多高效益的结构模式，如中国南方的桑（蔗）鱼塘，北方的猪～水生植物～稻等。系统的结构是功能的基础，调整系统结构，是对环境资源合理开发与利用的重要手段。在生态农业建设中，研究并探讨农业生态系统的内在机理和优化手段，建立新的高效能农业生结构，对农业的经营与建设有重要意义。