转运RNA（tRNA）剪接是另一种较罕见的剪接方法，但是却经常在 tRNA 出现。它的剪接反应涉及与剪接体或自剪接不同的生物化学过程。核糖核酸酶切开RNA，而连接酶 (RNA ligase) 则将外显子接合。这种剪接方式同样不需要任何RNA部件来催化。