邹应元，历史人物，字清源，号鹤山，中国江苏人，清朝官员，1767年担任台湾知府。
1751年邹应元高中进士，被派至江苏担任地方官。1767年他被朝廷派往台湾担任台湾知府，任内台湾发生黄教之乱，本应参革，后以平乱为由，留台到五年后的1772年。
前任：
秦廷基
台湾府知府
1767年上任
继任：
李师敏