安徽省怀宁中学发祥于清光绪三年（1877）由怀宁邑令彭广钟假安庆任家坡丰备仓旧址所创办的凤鸣书院。1903年改为凤鸣中学堂，1904年命名为怀宁县立中学堂，此乃怀宁中学正式得名之始。
怀宁中学，她始于满清王朝，经辛亥革命后之军阀割据，又经国民政府统治，更兼八年抗战。其间既有命运坎坷、流离颠沛、分离聚合的辛酸艰难的历程，更有百折不挠、愈挫愈进、许身社稷、报效桑梓、矢志教育兴国的光荣传统。
新中国诞生后，1950年10月县、市分治，1952年春，县委、县政府决定将本县文课、卓湖、石牌三所私立学校并入石牌初中，定名为怀宁第二初级中学（简称怀宁二中），此系怀宁中学重建初期校名。
重建后的怀宁中学，经历三次易名，
即：“安徽省怀宁第二初级中学”（1952—1957）、“安徽省石牌初级中学”（1957—1958）、1958年由省教育厅定名为“安徽省怀宁中学”。
1965年春，学校确定为安庆地区重点中学。
1978年春，被确定为安庆地区首批办好的重点中学。
1988年，地、市合并后，被确定为市属重点中学。
1997年，评为市级示范中学。
1999年，评为安徽省示范高中。
2002年初，怀宁中学依托县城迁址之天时、地利、人和优势，实现自身跨越式发展，按总体规划、高标设计、分步实施、滚动推进的方针，于二00二年六月八日在高河新址举行奠基仪式。新址校园占地270亩，总建筑面积53200方米，投资金额达1亿元，办学规模为60个教学班，可供五千余师生员工开展现代化的教育教学活动。迁址后的怀宁中学将在新的起点上，坚持以人为本、质量第一、严谨和谐、追求卓越的办学方向，朝着规范化、现代化、第一流的目标开拓奋进。
